|
|
Generation and analysis of mutant mouse model to study roles of KLKs in cutaneous inflammation
Eliáš, Jan ; Kašpárek, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Kallikreinové peptidázy (KLKs) jsou podskupinou serinových proteáz se zásadní důležitostí pro řadu funkcí, jejichž dysregulace přispívá k řadě patologických fenotypů. Nethertonův syndrom zaujímá mezi těmito patologiemi zásadní postavení, jelikož deregulace kallikreinových proteáz hraje klíčovou roli, především KLK5, KLK7 a do menší miry také KLK14. V případě této patologie je narušen gen hlavního regulačního proteinu těchto proteáz v kůži, kterým je SPINK5. To vede k nekontrolované hyprreaktivitě těchto proteáz a následnému narušení epidermální bariéry díky nadměrné epidermální deskvamaci a vážnému zánětu kůže. Zánětlivé mechanismy Nethertonova syndromu jsou v tuto chvíli relativně málo objasněné a panuje přesvědčení, že hlavní roli hraje zpracování imunitních molekul pomocí těchto proteáz a dysregulace kožního mikrobiomu. TNFα signalizace hraje klíčovou roli v imunitní odpovědi proti mikrobům a chronické kožní záněty mohou vest k závažným zdravotním stavům, ve kterých je TNFα důležitým komponentem. Abychom adresovali vliv TNFα signalizace v kontextu kallikreinových proteáz a Nethertonova syndromu, tak jsme vytvořili myší model, ve kterém je narušen gen Tnfr1 kódující protein receptor TNFR1 na pozadí již vytvořených modelů Nethertonova syndromu. Úspěšně jsme vytvořili Tnfr1-/- myší model a následně...
|
|
|
Struktura a fyziologický význam mitochondriálního póru přechodné propustnosti
Eliáš, Jan ; Mráček, Tomáš (vedoucí práce) ; Kalous, Martin (oponent)
Mitochondriální pór přechodné propustnosti (mPTP) je Ca2+ dependentním kanálem nacházejícím se ve vnitřní mitochondriální membráně, který je inhibován nanomolárními koncentracemi imunosupresiva cyklosporinu A. Společně s dalšími interagujícími proteiny, které regulují jeho otevření, utváří mPTP proteinový komplex přechodné propustnosti. Přetrvávající otevření mPTP je doprovázeno bobtnáním mitochondrií a následným kolapsem organely, jež předchází vyplavení proapoptotických proteinů a programované buněčné smrti. Kanál utvářející proteinová jednotka mPTP zůstává i přes intenzivní dlouholetý výzkum neznámá. Napříč historií zkoumání mPTP byl za kanál utvářející jednotku přijímán proteinový komplex ANT-VDAC, samotný protein ANT, PiC i ATP syntáza. I přes skutečnost, že nám doposud není známá přesná strukturní podstata, je mPTP přisuzována role v celé řadě onemocnění a patofyziologických stavů s nimi spojenými. Patří mezi ně zejména role v ischemickém/reoxidačním poškození, nervových a svalových dystrofiích i v nádorovém bujení. Klíčová slova: mitochondrie, mitochondriální pór přechodné propustnosti, cyklosporin A, programovaná buněčná smrt, ATP syntáza, oxidačně fosforylační aparát.
|
|
|
Static and dynamic analysis of plain and fiber-reinforced concrete using discrete meso-scale model
Květoň, Josef ; Vorel,, Jan (oponent) ; Šejnoha,, Michal (oponent) ; Eliáš, Jan (vedoucí práce)
The presented thesis is devoted to mathematical modeling of concrete fracture. A special type of model called discrete particle model is used. The concrete meso-structure is simplified as a system of interconnected polyhedral particles. The particle interaction is prescribed at their contacts. Solution of discrete displacement field is obtained under the assumption of small deformations and rigid body movement of particles. Two modifications of the static version of the discrete meso-scale model are presented: (i) representation of short fiber reinforcement and (ii) implicit dynamic solver. The first main part of the thesis is devoted to modelling of short fiber reinforcement, which is used to improve poor tensile performance of concrete. This material modification leads to more efficient material use and crack width reduction. Short fibers are represented in the discrete model indirectly, taking into account the frictional forces between fiber and cement matrix. The fiber forces are applied at particle contacts working against the crack opening. This modification is able to capture the strain hardening behavior and the multiple cracking of the fiber reinforced composites. The second main part of the thesis addresses dynamic material behavior. Concrete resistance varies under different strain-rates. For slow, quasi-static loading rates, the initial micro-cracks localize into a macro-crack. For fast loading rates, the energy is not consumed by one crack only, but multiple cracking and crack branching occurs. The inertia typically dominates in fast processes. Even though the meso-scale model accounts for the inertia and the crack branching, the cracking at lower scale is not addressed. Therefore additional phenomenological rate-dependency of the constitutive law is adopted. Numerical simulations on various geometries under various loading rates are performed and compared to experimental evidence from literature.
|
|
|
Pravděpodobnostní diskrétní model porušování betonu
Kaděrová, Jana ; Lehký, David (oponent) ; Konečný,, Petr (oponent) ; Eliáš, Jan (vedoucí práce)
Dizertační práce představuje výsledky numerické studie provedené s pomocí 3D diskrétního mezo–úrovňového mřížkově–částicového (lattice–particle) modelu betonu. Již existující model byl rozšířen o prostorovou variabilitu některých materiálových parametrů pomocí náhodného pole. Laboratorní experimenty z literatury posloužily jednak k identifikaci parametrů, zároveň také umožnily ověřit správné chování modelu s určenými parametry. Se základním i rozšířeným modelem byla provedena série numerických simulací zaměřená na popis vlivu míry proměnlivosti náhodného pole definované korelační délkou na celkovou únosnost prvku. Závěr práce je věnován popisu oblasti, ve které je během zatěžování uvolněna většina lomové energie, a to z hlediska její velikosti i tvaru. Tato zóna rozhoduje o celkové pevnosti prvku a jak je ukázáno, její tvar i velikost nejsou konstantní, ale závisí na typu zatěžování (přítomnost zářezu) a také na korelační délce náhodného pole.
|
|
|
Optimalizace trasy předpínacích kabelů
Středulová, Monika ; Lehký, David (oponent) ; Eliáš, Jan (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá možnostmi využití genetických algoritmů pro optimalizaci trasy předpínacích kabelů. Cílem práce je vyvinout genetický algoritmus na základě metody automatické dynamické penalizace a ověřit jeho robustnost na vybraných analytických funkcích. Následně je tento algoritmus napojen na TDA modul pro výpočet předpětí a použit pro řešení optimalizační úlohy s omezením. Veškeré úlohy jsou řešeny v programovacím jazyce Python s využitím knihovny Distributed Evolutionary Algorithms.
|
|
|
Financování vybrané společnosti a jeho optimalizace - řízení nákladů
Eliáš, Jan ; Duranti, David (oponent) ; Ptáček, Roman (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce je analyzování řízení nákladu ve vybraném podniku. Práce je rozdělena na teoretickou a praktickou část. Náplní teoretické části práce je vysvětlení problematiky, seznámení s klíčovými klíčové pojmy a metodikou analýzy řízení nákladů. V praktické části práce je poté analyzován současný stav řízení nákladů ve výrobním podniku ALDO Metal s.r.o., který se zabývá zejména zakázkovou výrobou kovových dílců a celků. V závěru práce jsou interpretovány výsledky analýzy a dále jsou autorem navrženy opatření a doporučení ke zlepšení řízení nákladů v tomto podniku.
|
|
|
CRISPR/Cas9-based genome editing in mice: state of the art and future perspectives
Eliáš, Jan ; Kašpárek, Petr (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Mutantní myši jsou klíčové pro odhalení funkce genů in vivo. V posledních letech prošla jejich příprava revolucí díky rychlému rozvoji programovatelných nukleáz, především systému CRISPR/Cas9. Editace genomu založená na vnesení komponentů systému CRISPR/Cas9 do časných vývojových stádií myších embryí umožnila rychlou a levnou přípravu genově deficientních myších modelů, hlavně ve srovnání s tradičními metodami, založenými na modifikacích embryonálních kmenových buněk (ESCs). Schopnost systému CRISPR/Cas9 indukovat na daném místě v genomické DNA dvojvláknový zlom (DSB) umožňuje efektivní narušení správného fungování daného genu díky náhodným mutacím dané sekvence, nebo kompletním vyštěpením daného genu. Přesné modifikace, jako inkorporace fragmentu DNA do daného lokusu, nicméně pořád zůstávají obtížně proveditelné. V této práci shrnuji systém CRISPR/Cas9, jeho použití v produkci mutantních myší a jeho možné modifikace, které by vedly ke zvýšení účinnosti přesných modifikací. Klíčová slova: CRISPR/Cas9, myš, transgeneze, homologní rekombinace
|
|
|
Výpočet dráhy trhliny podle lineární lomové mechaniky
Bónová, Kateřina ; Malíková, Lucie (oponent) ; Eliáš, Jan (vedoucí práce)
Diplomová práce se věnuje možnostem výpočtu trajektorie trhliny. Konkrétně pojednává o kritériu maximálního obvodového napětí, minimální hustoty deformační energie, rozevření trhliny a lokální symetrie. Tato kritéria jsou následně použita během výpočtů v programu ANSYS, s jehož pomocí jsou spočítány možné dráhy trhliny na čtyřech jednoduchých konstrukcích. Práci doplňují také kódy vytvořené v programu ANSYS. Pomocí nich lze spočítat trajektorii trhliny na dané konstrukci kterýmkoliv ze čtyř popisovaných kritérií.
|
|
|
Approximate Polynomial Greatest Common Divisor
Eliaš, Ján ; Zítko, Jan (vedoucí práce) ; Hnětynková, Iveta (oponent)
Název práce: Approximate Polynomial Greatest Common Divisor Autor: Ján Eliaš Katedra: Katedra numerické matematiky, MFF UK Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Jan Zítko, CSc., Katedra numerické matematiky, MFF UK Abstrakt: Výpočet najväčšieho spoločného delitel'a (GCD) dvoch polynómov patrí medzi základné problémy numerickej matematiky. Euklidov algoritmus je najstaršia a bežne používaná metóda na výpočet GCD, avšak táto metóda je značne nestabilná. Výpočet GCD je navyše zle postavená úloha v tom zmysle, že l'ubovol'ný šum pridaný ku koeficientom polynómov redukuje netriviálny GCD na konštantu. Jednu skupinu nových metód predstavujú metódy založené na odhade numerickej hod- nosti matíc. Operácie s polynómami sa tak redukujú na maticové počty. Ich nevýhodou je, že ani numerická hodnost' nemusí byt' spočítaná presne a hodnoverne kvôli citlivosti singulárnych čísel na šume. Ciel'om práce je prekonat' citlivost' výpočtu GCD na šume. Klíčová slova: AGCD, Sylvesterova matica, numerická hodnost', TLS
|
|
| |
host ::
RSS.