|
|
Diferenciace kolonií Saccharomyces cerevisiae
Čáp, Michal ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Kvasinkové kolonie jsou, podobně jako bakteriální biofilmy, mnohobuněčnou strukturou tvořenou jednobuněčnými organismy. Tato společenstva mají svá specifika a v mnoha ohledech se liší od planktonních populací. Dochází zde k vytváření gradientů živin a metabolitů, což poskytuje základ pro buněčnou diferenciaci na rozdílné subpopulace. Přehled současných znalostí na toto téma s důrazem na kvasinkové biofilmy a kolonie je učiněn v Literárním úvodu této práce. Ve výsledkové části se pak věnuji diferenciací kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae, jako modelové mnohobuněčné mikrobiální struktury. Zabývám se zde hlubší charakterizací dříve popsané horizontální diferenciace, tj. diferenciace mezi středem a okrajem kolonie, a její vztah k amoniakové signalizaci a stresové rezistenci. Zaměřil jsem se na studium významu genů stresové rezistence, jako předpokládaného významného faktoru pro přežití kolonií, pro vývoj a diferenciaci kolonií. Výsledky poněkud překvapivě ukazují na to, že stresová rezistence sama o sobě není zásadní pro přežití a diferenciaci kolonie, pro tu jsou spíše důležité změny vyvolané amoniakovou signalizací. Druhým typem diferenciace v kolonii je vertikální diferenciace na horní a dolní vrstvu popsaná v této práci. Buňky v horní a spodní vrstvě kolonie se výrazně liší morfologií,...
|
|
| |
|
|
Indukovatelné promotory a jejich využití pro buněčné manipulace kvasinek
Přibáňová, Gabriela ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Pro některé buněčné manipulace se dnes využívají promotory, které mohou být indukovány chemickými, nebo určitými fyzikálními faktory. Největší důraz je v této práci kladen na promotory indukovatelné světlem. Jsou dva přístupy, které nám umožňují aktivaci promotoru působením světla. První z nich využívá tzv. "caged molecules", chemických induktorů, jejichž regulační aktivita je "maskovaná" fotolabilní chránící skupinou. Druhý přístup zahrnuje optogenetické systémy, které mohou v buňkách regulovat transkripci. Tyto systémy jsou kódovány v DNA organismu, který tento systém nese, a jako jediný vnější regulační stimul potřebují světlo. Základní součástí optogenetických aparátů jsou fotoreceptory, které pro svou funkci potřebují kofaktor - chromofor. Fotoreceptory se řadí do několika funkčních skupin podle typu chromoforu a způsobu jejich fotoaktivace. Tato práce dává přehled o optogenetických systémech, využitých pro regulaci transkripce z hlediska využitého fotoreceptoru a mechanismu indukce. Stejně tak se zabývá využitím "caged molecules" pro regulaci transkripce. Dále jsou zde jmenovány případy využití těchto systémů v kvasinkách, modelového organismu využívaného ve vědě a pro biotechnologické účely. Na závěr diskutuji určitá omezení, které promotory indukovatelné světlem v některých případech...
|
|
|
Zvuková variabilita českých tázacích vět ve spontánní řeči
Hýblová, Lucie ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Volín, Jan (oponent)
Cilem tohoto vyzkumu bylo analyzovat a popsat zvukovou variabilitu ceskych tazacich vet, zejmena ve spontannim dialogu. Hlavnim zamefenim by! podrobny popis konkretniho melodickeho prubehu a srovnani zvukovych charakteristik ve spontannim a Ctenem projevu. Ukolem bylo zjistit, jakym zpusobem ovlivnuje spontannost a dialogicnost melodicke kontury, nebot' tato oblast neni v cestine doposud uspokojive prozkoumana. Vychodiskem byla melodicka schemata ve fonologickych popisech ceske intonace a jejich charakteristicke vlastnosti. Sledovana byla variabilita, vyskyt a chovani ruznych typu otazek ve spontanni feci. V obou databazich jsme vyclenili nekolik typu otazek, krome standardnich doplnovacich a zjist'ovacich otazek se jednalo o jejich situacni modifikace a o modifikace, u nichz se rozchazi obsahova a formalni stranka. Vysledky ukazaly, ze typy vyclenene na zaklade semantickem vykazuji obdobne chovani, co se distribuce tyee, typy shodne formalne se chovaji odlisne. Nejcastejsim typem otazky ve spontannich textech byla v nasem vzorku zjist'ovaci otazka, vcetne vsech modifikaci zaujimala pomer 5: 1 vliCi otazce doplnovaci. Nejvetsi objem v nasich databazich zaujimaji otazky jednousekove, ve spontanni databazi jsou pak u jednousekovych castejsi otazky jednotaktove. u vetsiny otazek se melodem realizoval na...
|
|
|
Intonační charakteristika promluvových úseků v delší výpovědi
Čepelák, Ondřej ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Volín, Jan (oponent)
Výzkum intonace se těší velkému zájmu již od druhé poloviny 20. století. Jednou příčinou je intenzivní rozvoj počítačové techniky a softwaru, který poskytuje stále přesnější metody měření a umožňuje použití stále větších množství dat. Díky tomu se lze věnovat jak zpřesňování dřívějších výsledků nebo jejich konfrontaci se současným stavem (např. Jašová 2001; Hedbávná 2002), tak výzkumu voblastech, kde dřívější metody selhávaly, kde měření bylo příliš pracné nebo kde nebylo možné provést měření na systematicky uspořádaném a dostatečně velkém materiálu. K posledně jmenované problematice chce přispět tato práce. Druhou příčinou zvýšeného zájmu o výzkum intonace je rozmach komunikačních technologií a široká oblast jejich využití (např. automatická hlášení v telekomunikacích, hlasové ovládání některých funkcí vautomobilech a mluvící navigační systémy, v neposlední řadě pak software pro zrakově postižené). Současná situace tedy zdánlivě poskytuje vhodné nástroje i motivaci právě k zjišťování nových informací (nejen) o suprasegmentální stránce jazyka. Jak uvádí Volín (2004, 5), "málokdo věří v možnost vyvíjet dokonalejší syntetizéry nebo rozpoznávače řeči bez výzkumu intonace." Na druhé straně však stojí omezené možnosti výsledky interpretovat či zobecňovat a úspěšně je implementovat, přestože byly získány...
|
|
|
Fonotaktická osnova českého slova a mluvního taktu
Churaňová, Eliška ; Volín, Jan (vedoucí práce) ; Palková, Zdena (oponent)
Tato diplomová práce předkládá zevrubný popis konsonanticko-vokalické struktury spisovné mluvené češtiny. Úvodní část je věnována přístupům a poznatkům souvisejícím s kombinatorikou a distribucí zvukových jednotek v řeči: pojednány jsou otázky řečového rytmu, aspekty členění souvislé řeči na promluvové úseky a mluvní takty a problematika fonotaktiky jazyků obecně i konkrétně češtiny. Na základě nahrávek 12 profesionálních mluvčích češtiny o celkovém rozsahu 6639 slov a 5368 mluvních taktů byly vytvořeny soubory dat, díky kterým bylo možné popsat CVCV struktury českých slov a mluvních taktů. Ve výsledcích tohoto výzkumu jsou uvedeny počty slov a taktů a jejich vztahy, četnost slovních druhů, počty hlásek ve slovech a taktech; zohledněny jsou i slabikotvorné likvidy a ráz. Dále je podán přehled nejčastějších CVCV vzorců slov a taktů a jejich variability v rámci slovních druhů. Poslední část práce se zabývá frekvencemi výskytu konsonantů a vokálů a jejich dvojic a trojic na různých místech v jednotce. Výsledky jsou průběžně porovnávány mezi sebou a také jsou srovnávány s výzkumem provedeným na rozsáhlejším psaném korpusu SYN2005 (2009). Tato práce může poskytnout základ pro další bádání v souvisejících jazykových oblastech (např. fonotaktika dialektů, mluvních stylů češtiny apod.).
|
|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, při kterém buňky adherují jak k sobě navzájem tak i k abiotickým povrchům za vzniku složitých mnohobuněčných struktur. Společné soužití v biofilmech poskytuje buňkám několik výhod ve srovnání s planktonními kulturami. Mezi ně patří nepochybně ochrana a odolnost vůči antimikrobiálním látkám, stresovým faktorům prostředí nebo imunitnímu napadení hostitele. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležité role v komerčních průmyslových odvětvích. Mohou však být také extrémně nebezpečné v klinickém prostředí. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o to, jak je eliminovat. V této studii jsme použili biofilm divokého kmene kvasinky Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí komplexu transkripčních korepresorů Cyc8-Tup1 při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém médiu a na rozhraní pevné látky a kapaliny. Neočekávaně jsme zjistili, že Cyc8p a Tup1p antagonisticky řídí tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na pevných médiích prostřednictvím modulace expresí genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu biofilmových kolonií a indukuje expresi FLO11 inhibicí represivní funkce Cyc8p a zároveň zabraňuje degradaci Flo11p možnou inhibicí...
|
|
|
Dynamika diferenciace kvasinkových kolonií: Nové přístupy
Jurečková, Gabriela ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Zimmermannová, Olga (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae rostoucí na pevném médiu vytváří strukturované kolonie. V průběhu jejího vývoje dochází k utvoření dvou subpopulací buněk U buněk ("upper cells") a L buněk ("lower cells") specificky lokalizovaných v rámci kolonie. Tyto buňky se od sebe liší svou morfologií, metabolismem, fyziologií a vyznačují se různou mírou odolnosti proti stresu. Tato diplomová práce se zabývá novými metodickými přístupy, které mohou být využity při dalším výzkumu kvasinkové diferenciace. První část se věnuje kvasinkové diferenciace a de-diferenciaci. V rámci experimentální části byl sledován vývoj mechanicky zamíchaných kvasinkových kolonií. Vývoj byl sledován in situ v řezu kolonie pomocí fluorescenční i "wide-field" mikroskopie. Schopnost de- diferenciace již specializovaných buněk byla hodnocena zejména podle charakteru exprese fluorescenčně značeného proteinu Ato1p, který slouží jako proteinový marker U buněk. Druhá část se zabývá optogenetickým systémem a jeho možným využitím v kvasince. Optogenetických nástrojů, umožňujících kontrolovat různé buněčné procesy pomocí světla, je v dnešní době popsána celá řada. Jedním z těchto optogenetických nástrojů je systém EL222, který v buňkách umožňuje indukci exprese pomocí modrého světla. Jedním z cílů této diplomové práce bylo otestovat aktivitu...
|
|
|
Diferenciace kvasinkových kolonií: Role vybraných transkripčních faktorů a metabolických proteinů
Plocek, Vítězslav ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Sychrová, Hana (oponent)
4 Abstrakt Kvasinky, ač se jedná o jednobuněčné mikroorganismy, v přirozených podmínkách vytvářejí složité mnohobuněčné útvary, jako jsou například biofilmy a kolonie. V rámci těchto útvarů následně probíhají děje, jako buněčná diferenciace, specializace jednotlivých buněčných populací a buněčná signalizace, typické pro mnohobuněčné organismy. V literárním úvodu této práce je shrnut přehled současných znalostí o vývoji biofilmů a kolonií, a to především druhu Saccharomyces cerevisiae, jako modelovém organismu, a některých vybraných regulací, které jsou důležité pro tvorbu mnohobuněčných struktur. Ve výsledkové části se zaměřuji na dva směry výzkumu. První z nich je směřován na mechanizmy podílející se na tvorbě mnohobuněčných struktur. Při studiu formování SLI biofilmů (biofilmů na rozhraní pevný povrch/kapalina) jsme zdokumentovali antagonistickou roli regulátorů CYC8 a TUP1 na jejich utváření a také jsme popsali vliv přítomnosti glukózy na vývoj a stabilitu SLI biofilmů kmene BR-F. Při této příležitosti jsme vyvinuli zobrazovací metodu, díky které jsme schopni za fyziologických podmínek připravit a pomocí mikroskopie pozorovat vnitřní strukturu (svislý průřez) SLI biofilmů i nárůstů neadherovaných buněk. Dále jsme popsali principy distribuce buněk při růstu obřích kolonií a zavedli model distribuce...
|
|
|
Autofagie u kvasinek
Nejedlý, Adam ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Libus, Jiří (oponent)
Autofagie je proces degradace buněčné cytoplazmy, proteinů a organel zejména v odpověď na nedostatek živin nebo poškození buněčných struktur. Modelovým organismem pro výzkum autofagie u eukaryot jsou kvasinkové organismy, zejména Saccharomyces cerevisiae, v menší míře pak Komagataella phapphi. Autofagii dělíme podle dvou kritérií jednak na makroautofagii a mikroautofagii, druhak na selektivní a neselektivní autofagii. Při makroautofagii se kolem degradovaného materiálu tvoří autofagozom, který následně fúzuje s vakuolou. Mikroautofagie probíhá přímým vychlípením a obalením degradovaného materiálu vakuolární membránou. Během neselektivní autofagie je sekvestrována náhodná část cytosolu, selektivní autofagie slouží ke specifické degradaci konkrétních proteinů a organel. Výzkum autofagie má značný medicínský význam kvůli úloze defektů autofagie v mnoha závažných lidských onemocněních.
|
host ::
RSS.