|
|
Cysteine tRNA regulates protein synthesis in human cell lines
Kučerová, Michaela ; Beznosková, Petra (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
Velká část lidských genetických chorob je asociovaná s nonsense mutacemi vedoucími ke vzniku předčasného terminačního kodonu v kódující sekvenci. Terminační kodon může být pročten pomocí near-cognate tRNA (tRNA se dvěma bazemi antikodonu párujícími se stop kodonem), což nazýváme tzv. readthrough; toto může vést k tvorbě C-terminálně extendovaných variant proteinu. Schopnost indukovat readthrough UGA stop kodonu byla v kvasinkách popsána u tRNA-Trp a tRNA-Cys. V lidské buněčné linii HEK293T byla popsána u lidské tRNA-Trp. Cílem této práce bylo zjistit, zda také lidská tRNA-Cys může fungovat jako near-cognate tRNA v lidské buněčné linii HEK293T. Rodina tRNA-Cys je tvořena dvěma isoakceptory, jeden nese antikodon ACA, druhý GCA. Existuje 1 isodecoder ACA a 23 isodecoderů GCA isoakceptoru. V této práci bylo testováno celkem 9 isodecoderů lidské tRNA-Cys (lišících se sekvencí a mírou exprese) pro schopnost pročíst stop kodon UGA v HEK293T za použití p2luci a pSGDluc dual-luciferase vektorů. Pozorovali jsme, že v p2luci i pSGDluc je minimálně jeden isodecoder, tRNA-Cys-GCA-4-1, schopen zvýšit readthrough stop kodonu UGA při zvýšení exprese tohoto isodecoderu v HEK293T. Tyto výsledky naznačují, že stejně jako v kvasinkách, je i v lidských buněčných liniích tRNA-Cys schopna inkorporovat se na stop kodon...
|
|
|
Vodorozpustné polymerní nanomateriály v protinádorové terapii
Vinklerová, Laura ; Etrych, Tomáš (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
Protinádorová léčba zahrnuje několik terapeutických postupů. Jedním z nich je chemoterapie využívající nízkomolekulární cytostatická léčiva, jejichž nevýhodou je celosystémový projev cytostatických účinků i ve zdravé tkáni. V důsledku toho se na konci minulého století přišlo s novým konceptem vysokomolekulárních polymerních nanomateriálů, které minimalizují vedlejší účinky léčby. Vazba léčiva na polymerní nanomateriál umožňuje zlepšit biodistribuci léčiva v těle a tím snížit jeho toxicitu, a zároveň často vede k významnému navýšení protinádorové aktivity. Struktura zmíněných vysokomolekulárních polymerních nanomateriálů a jejich konjugátů s léčivy využívá rozdílů mezi zdravou a nádorovou tkání. Jednou z významných odlišností je produkce enzymů matrix metaloproteináz v nádorovém mikroprostředí, která se zejména využívá k uvolňování léčiva vázaného na polymerní nosič v nádorové tkáni. Klíčová slova: polymerní nanomateriál, matrix metaloproteináza, uvolnění léčiva, penetrace, efekt EPR
|
|
|
Noncanonical human eIF4Es in and out of the RNA granules
Frydrýšková, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Eukaryontní translační iniciační faktor eIF4E1 řídí iniciaci translace závislou na čepičce, vyskytuje se v P-tělíscích a je důležitý pro vznik stresových granulí (SG). V lidských buňkách jsou obsaženy také dva další nekanonické translační iniciační faktory, eIF4E2 a eIF4E3. Oba váží čepičku, ačkoliv slaběji než eIF4E1. V rámci této práce jsem se zabývala schopností jednotlivých členů z rodiny proteinů eIF4E a jejich variant lokalizovat do stresových granulí a P-tělísek za klidových podmínek a za podmínek tepelného a arsenitanového stresu. Za všech testovaných podmínek lokalizovaly proteiny eIF4E1 a eIF4E2 a všechny jejich testované varianty do P-tělísek na rozdíl od variant proteinu eIF4E3. Za obou stresových podmínek všechny varianty proteinu eIF4E1 a varianta eIF4E3-A lokalizovaly do SG, avšak schopnost jednotlivých proteinů lokalizovat do SG se lišila. Protein eIF4E2 lokalizoval ve zvýšené míře pouze do SG vyvolaných tepelným stresem. Při detailnějším studiu jsme ukázali, že za tepelného stresu vznikají dva typy SG ve vztahu k eIF4E proteinům. Přibližně 75 % SG indukovaných tepelným stresem obsahuje všechny tři eIF4E proteiny, zatímco ve 25 % z nich protein eIF4E2 chybí. Dále jsme ukázali, že protein velké ribosomální podjednotky L22 je specificky nabohacen v SG vyvolaných arsenitanovým stresem....
|
|
|
Úloha transportérů ABC a MFS v lékové rezistenci patogenních kvasinek rodu Candida
Chaun, Martin ; Sychrová, Hana (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
Patogeny a jejich hostitelé vedou mezi sebou odvěkou bitvu o své přežití. Neustále dochází k vývoji nových strategií, jak porazit svého protivníka, a protistrategií, jak se svému soku ubránit. Poslední dobou se v důsledku zvýšeného užívání léků patogeny přizpůsobují výskytu těchto látek v prostředí a čím dál častěji na léčbu přestávají odpovídat, vzniká stav lékové rezistence. Postupně se zvyšující léková rezistence se týká i nejčastějších původců mykotických infekcí rodu Candida. Jedním z mechanismů, kterým jsou organismy schopny odolat účinkům toxických látek, je jejich transport ven z buňky pomocí membránových transportních proteinů. Tyto transportéry jsou v případě rodu Candida členy proteinových nadrodin ABC a MFS. Tato práce představuje proteiny ABC a MFS, jež se podílí na vylučování léčiv u čtyř druhů kandid, konkrétně u druhů Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis a Candida auris.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Proteomická analýza organel parazitických protist
Jedelský, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kolářová, Libuše (oponent) ; Půta, František (oponent)
Rozvoj technologií pro sekvencování DNA přinesl technologický zlom, díky němuž bylo možné provést analýzu kompletních genomů, včetně parazitických protist Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis , které jsou tradičně studovány nejen z důvodu jejich klinického významu, ale rovněž z evolučního úhlu pohledu pro jejich adaptaci na anaerobní způsob metabolismu. Samotné dokončení sekvencování genomu a anotace predikovaných proteinových sekvencí nepřineslo detailní vhled do fungování organel odvozených od mitochondrie, jimiž jsou v případě G. intestinalis mitosomy, které se nepodílejí na energetickém metabolismu, a v případě T. vaginalis hydrogenosomy, které produkují molekulární vodík a produkují ATP substrátovou fosforylací. Tradiční metody výzkumu těchto organel založené na frakcionaci pomocí ultracentrifugace v hustotním gradientu a následné biochemické a enzymologické analýzy byly doplněny o metody jedno a dvoudimenzionální elektroforézy s následnou identifikací proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. V této práci byly použity metody...
|
host ::
RSS.