|
|
I/O Virtualization in Networking
Perešíni, Martin ; Kekely, Lukáš (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
There are many different reasons for companies and organizations to invest in virtualization today, but it is probably safe to assume that financial motivation is number one on the list. Virtualization can save a lot of money. This thesis deals with the problem of I/O virtualization in the network environment in order to keep pace with this trend. The ultimate goal of this thesis is to develop working I/O virtualization software drivers that operate with FPGA-accelerated cards, thus enhancing their potential even more and saving the operational costs of big data centers. Their main benefits should be re-usability (flexibility) in a virtualized environment with the smallest possible performance loss. The theoretical part deals with current trends in I/O virtualization, technologies such as virtio, vhost, SR-IOV, VFIO and mediated devices. The practical part of this thesis suggests two ways of addressing this problematic. The first is to use software-emulation virtio technology. The second is based on the hybrid paravirtualization VFIO-mdev technology. Both approaches have different benefits in terms of performance and device manageability. Each solution's use case has its own drawback, like the complexity of the solution and the problematic integration into the system. The desired goals were achieved and manifested in the final form of the prototype driver nfb_mdev.
|
|
| |
|
|
Návrh programu pro tvorbu a řešení příkladů z prostého tahu/tlaku prutů a jejich soustav
Martínek, Tomáš ; Kubík, Petr (oponent) ; Polzer, Stanislav (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce je vypracování programu, který bude řešit úlohy z oblasti prostého tahu/tlaku prutů a prutových soustav v rozsahu bakalářského studia. Práce se sestává ze dvou programů, vypracovaných ve vývojovém prostředí Borland Delphi. Programy umožňují uživateli definovat prut (prutovou soustavu) na základě geometrických parametrů a vazeb, určí míru statické neurčitosti, provedou potřebné výpočty a v případě potřeby určí deformační podmínku (program pro řešení prutu). Písemná část práce slouží jako manuál k přiloženým programům.
|
|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Hardwarová implementace CRC pro vysokorychlostní sítě
Belešová, Michaela ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Matoušek, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce řeší problém hardwarové implementace CRC ve vysokorychlostních sítích. V teoretické části popisuje základní informace o CRC a různé metody na jeho výpočet. Z popisovaných metod jsou zvoleny metody využívající Galoisova pole a metody zapojení jednotek počítajících CRC sériově a paralelně. Na základě těchto metod je postavena implementace, která počítá se vstupním slovem šířky 256b a dodržuje propustnost přes 40Gb/s. Implementace také řeší problém nezarovnaných začátků a konců rámce a možnosti výskytu částí až dvou rámců uvnitř jednoho slova. Celé řešení je optimalizováno tak, aby zabíralo co nejmenší množství zdrojů.
|
|
|
Návrh paměti CACHE pro síťové aplikace
Soľanka, Lukáš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá návrhom a implementáciou generickej cache pamäte pre široké spektrum sieťových aplikácií. Najprv sú diskutované hlavné aspekty na výkonnosť. V náväznosti na to je navrhnutá architektúra a pamäť implementovaná s rešpektom pre zvolenú cieľovú technológiu. Hlavnými generickými parametrami sú: dátová šírka, veľkosť riadku, asociativita, počet riadkov a spôsob výberu obete. Cache podporuje zreťazené spracovanie, ktoré umožňuje každý hodinový cyklus vykonať jednu požiadavku. Pre overenie funkcionality bola výsledná komponenta dôkladne odsimulovaná a nakoniec bola jej činnosť odskúšaná v hardware na doske Combo6X.
|
|
|
Zpracování a visualizace hmotnostních spekter
Beneš, Ondřej ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedna z nových technik v oblasti analytické chemie, které nalézá stále více uplatnění v praxi, je zobrazovací hmotnostní spektrometrie. Díky její schopnost zaznamenat zastoupení látek ve vzorku při analýze tkáně však vznikají až GB dat a tyto data je nutné zpracovávat programově. Cílem této práce je vytvořit aplikaci pro zpracování a vizualizaci dat z nového standardu imzML. Součástí práce je stručný úvod do problematiky hmotnostní spektrometrie, konkrétněji pak typu MALDI TOF a jsou zde popsány některé metody předzpracování hmotnostně spektrometrických dat. V práci je také nahlédnuto na současný stav existující software a na základě požadavků spolupracující laboratoře je navržena a implementována nová aplikace nejen umožňující zobrazení dat, ale i jejich předzpracování jako jsou například metody vyhlazování dat Savitzky-Golay, interní kalibrace či vyhledávání píků pomocí spojité vlnkové transformace. K závěru jsou i některé ukázky vizualizovaných dat z reálných experimentů.
|
|
|
Implementace šifrovacích algoritmů v jazyku VHDL
Kožený, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací šifrovacích algoritmů AES a DES pro vestavěné systémy. Architektury jsou implementovány v jazyce VHDL a navrženy pro umístění do programovatelných logických polí FPGA. Výsledná řešení jsou určena pro obvody Xilinx Spartan 3. Obě architektury pracují v režimu ECB (Electronic Codebook) s použitím vyrovnávacích pamětí. Maximální propustnost navržené architektury DES je 370 Mb/s při pracovní frekvenci 104 MHz. Pro šifrování algoritmem AES je propustnost na maximální frekvenci 118 MHz až 228 Mb/s. Při porovnání se softwarovými implementacemi, určenými pro vestavěné systémy, dosáhly obě architektury podstatně vyšších propustností.
|
|
|
Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu
Pavlík, David ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá otázkou predikce změn stability proteinů v důsledku aminokyselinových mutací. Cílem je vytvořit meta-klasifikátor, který bude využívat výsledky predikcí vybraných nástrojů, použít evoluční strategii pro přiřazení vah jednotlivým nástrojům a dosáhnout tak větší úspěšnosti predikce než při použití nástrojů samostatně. Bylo vybráno celkem pět dostupných nástrojů, jejichž výsledky predikcí byly váhovány. Jsou zde zkoumány a porovnávány dvě odlišné metody evoluční strategie. První je evoluční strategie s pravidlem 1/5 a druhou je evoluční strategie s autoevolucí řídících parametrů typu 2. Pro trénování a následné ověření úspěšnosti navrženého meta-klasifikátoru byly vytvořeny dvě nezávislé sady mutací. Z provedených experimentů a dosažených výsledků byl zjištěn možný přínos evoluční strategie, ovšem za podmínek pečlivého výběru sady nástrojů a datových sad pro trénování a testování.
|
|
|
DMA řadič a ovladač síťové karty pro platformu COMBO2
Kaštovský, Petr ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
V rámci výzkumné aktivity Liberouter společnosti CESNET je vyvíjena rodina COMBO karet určená pro akceleraci zpracování síťového provozu. Tyto karty disponují programovatelným hradlovým polem firmy Xilinx. Aby bylo možné s kartami používat i klasické nástroje pro správu a monitorování sítí, nejen aplikačně specifické nástroje, je nezbytné pro tuto platformu implementovat síťovou kartu, která realizuje příjem a odesílání paketů skrze standardní rozhraní linuxového jádra. Tato práce obsahuje popis návrhu a realizace dvou klíčových komponent síťové karty. DMA řadiče a ovladače zařízení pro Linux.
|
host ::
RSS.