|
|
The Role of Cellular Prion Protein in Erythroid Differentiation
Panigaj, Martin ; Holada, Karel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Rusina, Robert (oponent)
3 Abstrakt Buněčný prionový protein (PrPC ) je evolučně konzervovaný protein, exprimovaný na povrchu buněk různého původu. Přestože PrPC hraje zásadní roli v patogenezi neurodegenerativních chorob, jeho fyziologická funkce zůstává neznáma. Prionové choroby jsou charakteristické dlouhou dobou latence, během které nejsou diagnostikovatelné žádnou konvenční metodou. Krev by mohla být ideálním materiálem pro vývoj takových testů, bohužel vlastnosti PrPC na krevních buňkách a jeho funkce není dosud spolehlivě vysvětlena. Naše práce ukázala, že jednotlivé lidské červené krvinky exprimují pouze malé množství PrPC , ale vzhledem k počtu erytrocytů v krvi představuje tento protein většinu PrPC vázaného na krevní buňky. Na základě našich dat usuzujeme, že PrPC na povrchu erytrocytů je unikátně modifikován. Podobná modifikace by v případě patologického PrP mohla znesnadňovat diagnostiku prionových chorob z krve. Je prokázáno, že v průběhu prionových onemocnění dochází k deregulaci transkripce erytroidních genů a že PrP-/- myši mají oslabenou odpověď vůči experimentálně navozené anémii. Pro objasnění úlohy PrPC v erytropoéze jsme proto sledovali jeho expresi u myších erytroidních prekursorů in vitro i in vivo. Prokázali jsme, že v průběhu diferenciace buněk dochází k regulaci povrchové exprese PrPC na erytroidních...
|
|
|
Identification and Characterization of Genetic Aberrations in Acute Childhood Leukemia
Lukeš, Julius ; Kubričanová Žaliová, Markéta (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dětské akutní leukémie jsou geneticky komplexní poruchy hematopoézy. U většiny pacientů se vyskytují rekurentní či náhodné aberace, jejichž pečlivá funkční charakterizace je zásadní pro pochopení role, kterou hrají v procesu leukemogeneze. Naším cílem byla identifikace a charakterizace genetického pozadí dvou leukemických entit. Transientní myeloproliferativní porucha (TMD) je preleukémie, která postihuje 10% novorozenců s Downovým syndromem. Trisomie 21 chromozomu a in-utero získané mutace v genu GATA1 jsou kauzální pro vznik TMD a společně představují ideální "více-zásahový" model leukemogeneze. Zaměřili jsme se na zkoumání alternativního mechanismu vzniku TMD bez účasti trisomie 21. U jedinečného případu TMD jsme jako potenciálně spouštěcí aberace popsali nové delece v genech GATA1 a JAK1. Delece D65_C228 v GATA1 způsobuje tvorbu poškozené izoformy, u níž se předpokládá ztráta transaktivační schopnosti a rovněž částečná ztráta vazby ke specifickým vazebným místům v DNA, což může stačit ke spuštění TMD. Námi provedená podrobná charakterizace delece F636 v JAK1 zpochybňuje význam této aberace pro patogenezi TMD. Analýza signalizace JAK/STAT odhalila pokles kinázové aktivity po ztrátě F636. Růst buněk Ba/F3, které vytvářejí poškozený JAK1, je závislý na cytokinech, podobně jako je tomu u buněk...
|
|
|
Role of genetic factors responsible for development of pancreatic cancer
Borecká, Marianna ; Janatová, Markéta (vedoucí práce) ; Václavíková, Radka (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Nádorová onemocnění jsou jakožto druhá nejčastější příčina úmrtí globálním zdravotním problémem (www.uzis.cz). Vzniká tak urgentní potřeba výzkumu, aby díky efektivnější a výkonnější predikci rizika a více personalizovaným přístupem k pacientům, byla redukována incidence a asociované léčebné finanční náklady. Nosiči klinicky významných germinálních mutací v genech predisponujících k hereditárním nádorovým syndromům mají vysoké riziko nádorového onemocnění. Identifikace takovéto mutace může ovlivnit prognózu i léčbu probanda, ale také pomoci s prevencí rodinných příslušníků a jejich zařazení do vysoce rizikové skupiny. Tato studie je zaměřena na dosud málo popsané genetické faktory predisponující k duktálnímu adenokarcinomu pankreatu (PDAC) v české populaci. V roce 2017 byla incidence PDAC v ČR 21 případů na 100 tisíc obyvatel a PDAC byl čtvrtý nejčastější důvod smrti mezi onkologickými pacienty (www.svod.cz). Za použití široké škály metod včetně HRM analýzy (High Resolution Melting), Sanger sekvenování celého genu a sekvenování nové generace (NGS, Next Generation Sequencing) s pomocí CZECANCA panelu vyrobeného v naší laboratoři jsme analyzovali několik skupin neselektovaných PDAC pacientů a nenádorových kontrol. Byla potvrzena role PALB2 jako PDAC predispozičního genu v české populaci s frekvencí...
|
|
|
Patofyziologie idiopatických střevních zánětů.Vztah k primární sklerózující cholangitidě, transplantaci jater a karcinogenezi.
Bajer, Lukáš ; Drastich, Pavel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Procházka, Vlastimil (oponent)
Idiopatické střevní záněty multifaktoriálně podmíněných celosvětově narůstající incidencí. Dvěma nejlépe definovanými fenotypy jsou Crohnova střevní zánět doprovázející primární progresivní onemocnění žlučovodů vedoucí k klinická a patofyziologická specifika považován za samostatný fenotyp - Cílem experimentální čá - klíčových oblastech podílejících se na patogenezi IBD, kterými jsou: složení střevní mikrobioty, porucha střevní bariéry, genetická predispozice a aberantní imunologická odpověď. Dalším cílem prác neoplazií na základě analýzy klinických dat pacientů sledovaných v transplantačního centra. Za použití metod paralelní sekvenace jsme odhalili specifickou kompozici bakteriální - IBD, která se odlišovala od kompozice u UC a kontrol rekrutovaných ze zdravé české populace. V práci jsme odhalili četné sérové biomarkery, jednotlivými fenotypy IBD či specifickými klinickými kofaktory. Některé těchto nálezů prokazují klíčovou úlohu střevní bariéry v Zároveň jsme charakterizovali protilátkovou a buněčnou odpověď, která u různých podtypů IBD vykazovala signifikantní rozdíly. Na největším českém souboru pacientů rámci retrospektivní studie prokázali klíčovou úlohu střevního zánětu na míru rekurence PSC, a tím i na prognózu jaterního štěpu. V kohortě pacientů jsme pomocí HLA typizace taktéž prokázali význam...
|
|
|
The role of Kit ligands in hematopoiesis of Danio rerio
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
Hematopoetická regulace závisí z velké části na aktivitě hematopoetických cytokinů a jejich receptorů. Díky celogenomové duplikaci je u kostnatých ryb včetně Dánia pruhovaného (Danio rerio) mnoho duplikovaných paralogů, mimo jiné i pro některé hematopoetické cytokinové geny. V tomto projektu jsme se zabývali rolí duplikovaného Kit ligandu v hematopoeze D. rerio. Kit ligand (Kitlg) je cytokin s pleiotropním efektem, který je zcela zásadní pro erytropoezu u obratlovců, ale u D. rerio tato role zatím nebyla prokázána. Za účelem ověření této funkce jsme použili in vivo a ex vivo nástroje a gain-of-function i loss-of-function přístupy. Jako první jsme prokázali synergistickou kooperaci rybího Kitlga s erythropoetinem (Epo) a dexamethasonem (Dex), která umožňuje kultivovat buňky ledvinné dřeně v suspenzi a vytváří optimální podmínky pro expanzi dospělých erytroidních progenitorů. Předpokládáme, že námi navržené podmínky bude dále možné optimalizovat za pomocí dalších cytokinových kombinací tak, aby umožňovaly růst a expanzi jiných typů hematopoetických buněk. Proto bude tento přístup velmi užitečný pro studium normální a aberantní hematopoezy, například za využití rybích hematopoeitckých mutantních linií a modelů onemocnění. Dále jsme...
|
|
|
Role Rnf207b v hematopoéze Danio rerio
Vondráková, Zuzana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Hematopoéza (krvetvorba) je proces proliferace, diferenciace a sebeobnovy hematopoetických kmenových buněk. Regulace hematopoézy je komplexní děj, který probíhá na mnoha úrovních a je řízen mnoha signály. RNF207 je jedním z perspektivních genů vybraných na základě experimentu v kuřecím modelu, ve kterém získaná data ukazují na jeho roli v krvetvorbě. Cílem této práce je určit úlohu rnf207b jako nového regulátoru krvetvorby Dánia pruhovaného (Danio rerio) a případně tedy zjistit, na jaké úrovni hematopoézy funguje. Dánio pruhované je výborným modelem pro studium funkce genů in vivo, a to díky snadné manipulaci genové exprese a širokým možnostem analýzy fenotypů během vývoje. Pro studium vlivu rnf207b na hematopoézu Dánia pruhovaného jsme snížili expresi tohoto genu mikroinjikací morfolino oligonukleotidů do jednobuněčných embryí. U takto injikovaných embryí jsme viděli efekt jak v trombocytární, tak v erytroidní linii, z čehož vyplývá, že by rnf207b mohl být regulátor na hierarchické úrovni progenitorů, případně by mohl být v hierarchii ještě výše. Výsledky analýzy vývojově a tkáňově specifické exprese pak ukazují, že exprese rnf207b začíná již v 18 hpf, tedy ještě v době primitivní hematopoézy. Přestože je rnf207b v dospělosti exprimován v ledvinách (anatomické místo definitivní hematopoézy ryb),...
|
|
|
Analýza kvantitativních a kvalitativních genetických znaků v patogenezi hereditárních forem solidních nádorů.
Zemánková, Petra ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Tichý, Boris (oponent)
Nádorová onemocnění patří mezi druhou nejčastější příčinu úmrtí v ČR. Nosiči mutací v genech predisponujících k dědičné formě onemocnění tvoří malou, ale klinicky velmi významnou skupinu vysoce rizikových osob. V současné době jsou známy desítky predispozičních genů pro vznik hereditárních nádorových syndromů, pro jejichž analýzu se cílené sekvenování nové generace (NGS) stalo metodou první volby. NGS umožňuje rapidní zrychlení určení příčinné mutace v oblasti diagnostiky hereditárních nádorových syndromů. K identifikaci mutací v genech predisponujících ke vzniku dědičných nádorových onemocnění jsme navrhli analýzu pomocí panelového NGS včetně bioinformatického zpracování, které umožňuje spolehlivou identifikaci jednonukleotidových záměn, krátkých inzercí/delecí i rozsáhlých intragenových přestaveb. Bioinformatické postupy, popsané v této dizertační práci, jsme následně využili k validaci panelového NGS, ale i pro identifikaci alterací v konkrétních genech, která umožnila nalézt jejich doposud nepopsané asociace s dědičnými nádorovými onemocněními. Bioinformatické analýzy se staly základem pro jednotné zpracování rozsáhlých souborů dat z CZECANCA konsorcia a umožňují konstrukci frekvenční databáze variant, která slouží pro zlepšení klinické diagnostiky nádorové predispozice u pacientů v ČR....
|
|
|
Pathobiochemistry of lysosomal storage disorders: Study of Fabry disease and generation of cellular models of X-linked disorders.
Rybová, Jitka ; Ledvinová, Jana (vedoucí práce) ; Entlicher, Gustav (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Lidské autoptické či bioptické vzorky tkání, myší modely a buněčné kultury různých typů představují nejčastější materiál při zkoumání buněčné patogeneze dědičných chorob. Tato dizertační práce je věnována všem uvedeným přístupům při studiu dvou X-vázaných lysosomálních onemocnění a to Fabryho choroby (FD, deficit α-galaktosidasy A, AGAL) a mukopolysacharidosy typu II (MPSII, deficit iduronát-2-sulfatasy, IDS). Prvotním cílem práce byla analýza krevních lipidních B-antigenů s terminální α-galaktózou (B-GSL) v pankreatu pacientů s FD a krevní skupinou B (FD-B). B-GSLs představují vedle hlavního glykosfingolipidu (GSL), globotriaosylceramidu (Gb3Cer) další minoritní substrát AGAL. Deposita nedegradovaných B-GSL byla prokázána v autoptických vzorcích pankreatu FD-B pacientů a byla zde výrazně vyšší než u ostatních orgánů jako ledviny a plíce, kde se primárně ukládá Gb3Cer. Vysoká koncentrace lipidních i nelipidních B-antigenů byla u FD-B potvrzena především v exokrinních acinárních epiteliálních buňkách, doprovázená masivní akumulací ceroidu (sekundární znak lysosomálního střádání). Endokrinní část pankreatu zůstala na rozdíl od acinů zcela nepostižena ukládáním substrátů AGAL. Tento zajímavý fenomén buněčné biologie ukazuje, jak může specifická krevní skupina ovlivnit projevy nemoci v orgánech...
|
|
|
Characterization of hematopoietic cells in patients with mature B-cell malignancies
Maswabi, Bokang Calvin ; Živný, Jan (vedoucí práce) ; Otáhal, Pavel (oponent) ; Alberich Jorda, Meritxell (oponent)
(Czech) U pacientů s nádorem ze zralých B buněk a u zdravých kontrol byly analyzovány absolutní a relativní podíly populací hematopoetických kmenových buněk a progenitorů (HSPC), včetně hematopoetických kmenových buněk (HSC), multipotentních progenitorů (MPP), multilymphoidních progenitorů (MLP) a pro B buněk. Identifikovali jsme nižší absolutní a relativní zastoupení MLP a vyšší relativní zastoupení HSC u pacientů, bez ohledu na postižení kostní dřeně (BM), ve srovnání s kontrolami. U pacientů s infiltrací kostní dřeně maligními buňkami jsme navíc pozorovali významně snížené absolutní počty MPP. U zdravých subjektů jsme potvrdili dříve publikované výsledky ukazující zvýšení absolutního a relativního zastoupení MLP s věkem, klesající relativní zastoupení HSC s věkem a klesající absolutní a relativní koncentraci pro B buněk s věkem. Snížené absolutní a relativní koncentrace pro B buněk byly zjištěny také u studovaných pacientů (PT) v korelaci s věkem. Nižší absolutní a relativní koncentrace MLP a vyšší relativní koncentrace HSC byly pozorovány u pacientů ve srovnání s věkově odpovídajícími kontrolami bez ohledu na infiltraci kostní dřeně (KD). Absolutní koncentrace MPP byla významně snížená pouze u pacientů, kteří měli maligními buňkami infiltrovanou kostní dřeň. Porovnání změn v zastoupení HSPC ve...
|
|
| |
host ::
RSS.