|
|
Reductive Evolution of Mitochondria - Related Organelles in Anaerobic Protist
Rada, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Embley, Martin (oponent) ; Eliáš, Marek (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta Katedra Parazitologie Doktorský studijní program: Parazitologie Abstrakt k disertační práci Reduktivní Evoluce Organel Mitochondriálního Původu u Anaerobních Protist Petr Rada Školitel: RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Školitel-konzultant: Doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D. Praha, 2011 ABSTRAKT Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis patří mezi parazitacká protista skupiny Excavata. Oba prvoci obsahují anaerobní formy mitochondrie, které se nazývají hydrogenosomy (Trichomonas) a mitosomy (Giardia). Hydrogenosomy produkují vodík a ATP substrátovou fosforylací. Mitosomy představují vysoce redukovanou formu mitochondrie, nepodílejí se na energetickém metabolismu buňky a neprodukují ani ATP. Během vývoje hydrogenosomu a mitosomu došlo k přenosu genetické informace do jádra hostitelské buňky a vzniku specializovaných transportérů, které zajišťovaly přenos metabolitů, iontů a transport proteinů kódovaných jádrem zpět do organel. Do dnešní doby máme pouze velmi omezené znalosti o proteinech a mechanismech, které se podílejí na biogenezi a transportu metabolitů a proteinů přes membrány obou typů organel. Dosavadní znalosti o proteomech mitosomů pocházejí většinou z analýz genomů vybraných protist a z ověřených mitosomálních lokalizací vytipovaných proteinů. Rozhodli jsme se...
|
|
|
Diverzita a druhový koncept u komplexu Vischeria/Eustigmatos (Eustigmatophyceae)
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Vischeria a Eustigmatos jsou blízce příbuzné rody vyskytující se v terestrických habitatech. Tyto rody byly rozlišeny na základě rozdílů ve struktuře buněčného povrchu (výrůstky a hrany různého tvaru, resp. hladký povrch). Doposud byly popsány tři druhy rodu Eustigmatos. V rámci rodu Vischeria bylo popsáno dvanáct druhů, z nichž devět však bylo od doby svého popisu pozorováno vzácně nebo dokonce vůbec. Tato práce je zaměřena na zhodnocení molekulární variability, diverzity a taxonomie komplexu Vischeria/Eustigmatos. Za tímto účelem bylo studováno devadesát sedm kmenů zahrnujících jak kmeny pocházející z veřejných řasových sbírek, tak kmeny nově izolované z lokalit z celého světa. Sbírkové kmeny zahrnovaly typové kultury dvou druhů rodu Eustigmatos a tří druhů rodu Vischeria. Fylogenetické analýzy ITS2 rDNA a rbcL sekvencí ukázaly, že rody Vischeria a Eustigmatos nejsou fylogeneticky separované. Každý z pěti typových kmenů představuje samostatou vývojovou linii. Některé z dalších nalezených linií svou morfologií odpovídají popisu Eustigmatos magnus. Některé z nově izolovaných kmenů jsou na základě zkoumaných genetických markerů nerozlišitelné od sbírkových kmenů, některé z nich naopak představují nové linie. Jen jedna z fylogenetických linií, ztotožnitelná s druhem Vischeria stellata, vykazuje dobře...
|
|
|
Erdos-Szekeres type theorems
Eliáš, Marek ; Matoušek, Jiří (vedoucí práce) ; Cibulka, Josef (oponent)
Nech P = (p1, p2, . . . , pN ) je postupnosť bodov v rovine, kde pi = (xi, yi) a x1 < x2 < · · · < xN . Slávna Erdős-Szekeresova veta z roku 1935 hovorí, že každá taká postupnosť P obsahuje monotónnu podpostupnosť S dĺžky√ N . Iná, podobne slávna veta z toho istého článku hovorí, že každá taká po- stupnosť P obsahuje konvexnú alebo konkávnu podpostupnosť dĺžky Ω(log N). Najprv definujeme (k + 1)-ticu K ⊆ P ako pozitívnu, keď leží na grafe funkcie s nezápornou k-tou deriváciou a podobne tiež negatívnu (k + 1)-ticu. Ďalej hovoríme, že S ⊆ P je monotónna k-teho rádu, keď jej (k + 1)-tice sú buďto všetky pozitívne alebo všetky negatívne. V tejto práci skúmame kvantitatívne odhady pre zodpovedajúce Ramseyovské funkcie. Dostávame Ω(log(k−1) N) ako dolný odhad. Taktiež uvádzame vylepšené odhady pre súvisiace problémy ako Order types a One-sided sets of hyperplanes. 1
|
|
|
Pohlavní rozmnožování ochrofytních řas
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Pohlavní rozmnožování je jedním ze specifických znaků eukaryot. Téměř veškeré znalosti, které o pohlavním procesu máme, vycházejí ze studií provedených na živočiších a rostlinách. Ve skutečnosti však víme jen nepatrný zlomek toho, co by nám o distribuci a dalších aspektech pohlavního procesu mohly prozradit protistní organismy. U naprosté většiny z nich nich chybí jakékoliv důkazy o tom, že k pohlavnímu procesu skutečně dochází. Není však vyloučeno, že domnělá asexualita protist je pouze lidským artefaktem. Také u většiny ochrofytních řas, kterým je věnována značná část této bakalářské práce, pohlavní proces neznáme. Pozorován byl pouze u jedinců, kteří náleží do šesti z šestnácti doposud popsaných tříd skupiny Ochrophyta. V některých případech byl zjištěn také environmentální faktor, který stimuluje tvorbu pohlavních buněk. Postupné vyjasňování fylogeneze, které můžeme očekávat v následujících let spolu se znalostí biologie ochrofytních řas nám může poskytnout informace o případné sexualitě této skupiny.
|
|
|
Sinice spojené se stromatolitovými biofilmy v německém potoce Westerhöfer
Hodačová, Alena ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Řeháková, Klára (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá sinicemi, které se nacházejí v biofilmu tufa stromatolitu pokrývající dno potoku Westerhöfer v Dolním Sasku v Německu. O sinicích tohoto potoku již byla práce napsána (ARP ET AL., 2010), ale pouze pro jedno odběrové místo (WB 5), a výsledkem této práce bylo šest nevysvětlených fylotypů sinic z devíti získaných. Moje diplomová práce má za úkol alespoň z části vyjasnit identitu těchto fylotypů a poukázat na další skupiny, které se zde vyskytují. Výsledky studie jsou rozděleny na dvě části. Na část zaměřenou na morfologii izolátů, které jsem extrahovala ze směsných vzorků všech odběrových míst v tomto potoce, a na fylogenetickou část, která zahrnuje analýzu sekvencí 16S rDNA mých izolátů a sekvencí získaných klonováním environmentální 16S rDNA, a to jak mých z vzorků po 2,5 měsících kultivace, tak také Kathrin I. Mohr (klonování ihned po odběru), která pracovala v laboratoři EPSAG přede mnou na stejném projektu. V morfologické části práce jsem identifikovala 11 morfotypů, odpovídajících tradičním rodům Aphanothece, Synechococcus, Cyanothece/Gloeothece, Leptolyngbya, Pseudanabaena, Limnothrix, Plectonema, Phormidium, Tolypothrix a Nostoc, dva izoláty nebylo možno jednoznačně přiřadit k žádnému morfotypu, jedná se o AH 5 a AH 35. Ve fylogenetické části jsem potvrdila polyfyletický...
|
|
| |
|
| |
|
|
Aplikace celočíselného programování
Eliáš, Marek ; Hladík, Milan (oponent) ; Pergel, Martin (vedoucí práce)
V této práci prezentujeme a implementujeme několik grafových algoritmů. První část pojednává o algoritmech pro minimální vážené perfektní párování na bipartitních i všeobecných grafech založených na primárně-duální metodě a jejich modi fikacích. V druhé části práce se zaobíráme algoritmem pro maximální řez na rovinných grafech a Christo dovým aproximačním algoritmem pro TSP. U všech prezentovaných algoritmů uvádíme buď vlastní důkaz správnosti nebo odkaz na důkaz v odborné literatuře. Závěrečná kapitola je věnována metodám, které používáme k vizualizaci algoritmů. Zvolené přístupy poskytují různou míru interakce s uživatelem a umožňují vybrat vstupní graf pro vizualizační program.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.