|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Influence of autonomic nervous system in the inducibility of atrial fibrillation.
Šrutová, Martina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kolářová, Jana (vedoucí práce)
The aim of this study is to investigate changes in sympatho-vagal balance before the initiation of AF. Six mongrel dogs from the Cleveland Clinic foundation were included in this study. ECG was recorded for 24 hours using telemetric Holter monitoring. AF was periodically induced every 30 min. by applying brief bursts of 40 high-frequency atrial train impulses (TI). From the 24 hours signals' traces shorter data episodes were extracted. Each episode consisted of 10 minutes preceding the atrial burst, and 3 minutes following the (TI). The 10 minutes episodes were processed automatically to determine the QRS complexes and RR intervals, and to calculate the HRV parameters. The presence and the duration of AF were determined by manual examination in each of the 3 minutes intervals following the delivery of TI. When the AF was generated, but episodes of AF were shorter than 30 seconds, three HRV parameters were significantly different than when AF was not generated. The HF component was lower in episodes that generated AF. The LF component was higher in episodes that generated AF. No significant differences were found when episodes of AF were longer than 30 seconds. Short episodes of AF could be generated when a certain disorder between sympathetic and parasympathetic tone is present. However in order to be able to generate longer AF episodes it is necessary another component not necessary related to the nervous system. Further analysis with a higher number of dogs should be needed.
|
|
|
Analýza diferenciálního rozpočtu leukocytů v periferní krvi různými diagnostickými metodami
Pavlík, Jan ; Provazník, Ivo (oponent) ; Hrubeš, Jan (vedoucí práce)
V současné době je standardizace morfologického vyšetření cytologických preparátů velice obtížné. Digitalizace obrazu a rozvoj výpočetní technologie umožňuje najít vhodné řešení k efektivnímu zpracování cytologických vzorků. Firma Cellavision vyvinula ve spolupráci s předními morfology přístroj Cellavision DM96, který využívá digitalizaci obrazu krevních buněk pro jejich morfologickou diagnostiku a následnou archivaci. Je důležité se na tento systém zaměřit a prověřit jeho využití v klinické praxi. Výsledky získané dvěma různými metodami byly statisticky zpracovány a vyhodnoceny.
|
|
| |
|
|
Genetic variations in coronary artery disease
Kocmanová, Klára ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis deals with the genetics of coronary artery disease. Studying risk variants helps us identify risk patients and allows us to develop targeted medicine. The first chapter deals with the anatomy, histology, and pathophysiology of CAD. The second chapter focuses on the current knowledge of the genetics of coronary artery disease. The third chapter mentions two genomic projects that have contributed to studying variations in coronary artery disease and the means of reading data from their databases. These projects are the 1000 Genomes Project and CARDIoGRAM plus CD4 consortium. 1000 Genomes-based linkage disequilibrium reference panel was obtained. The selection operator for jointly analyzing multiple variants was applied to the loci discovered in 1000 Genomes-based genome-wide association meta-analysis performed by CARDIoGRAM plus CD4 consortium.
|
|
|
Hodnocení srdečních arytmií
Šromová, Michaela ; Kozumplík, Jiří (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Obsahem práce je stručný popis anatomie a elektrofyziologie srdce. Práce dále popisuje elektrokardiogram a různé typy srdečních arytmií s popisem jejich léčby. V další části je uveden návrh programu pro klasifikaci vybraných typů arytmií a tři možnosti klasifikace rytmu, a to pomocí délky RR intervalů, označení extrémů P vln a detekce R kmitů, poslední metoda je založena na rozměření délek intervalů a výšek amplitud. Praktickou částí této práce bylo vytvoření klasifikátoru rytmu s přiřazováním vhodné léčby arytmiím, ověření jeho funkce na signálech z dostupné knihovny arytmií a jeho vyhodnocení.
|
|
| |
|
| |
|
|
Účinky trypsinu na membrány buněk HEK293
Lipnická, Soňa ; Provazník, Ivo (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je věnována vlivu trypsinu na membrány buněčných kultur. K optimalizaci byly vybrány buněčné linie HEK293 netransfekované a buněčné linie stabilně transfekované membránovými kanály CaV3.1, které byly postupně vystaveny účinku 0,25; 0,375 a 0,5 % trypsinu. Jeho koncentrace ovlivňuje nejen odlučování adherovaných buněk na podloží, ale také degradaci buněčných membrán, což ovlivňuje viabilitu buněčných kultur. Součástí této práce je vytvoření metodiky pro studium vlivu trypsinu na membrány buněčných linií HEK293.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Danielová, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na obrazovou analýzu mitotických chromosomů. Zabývá se návrhem celého procesu zpracování digitálních snímků – od předzpracování snímků, až ke klasifikaci jednotlivých chromosomů, včetně jeho testování na sadě obrázků. V teoretické části práce jsou popsány cytogenetické metody, které se používají pro vizualizaci chromosomů. Tato práce se v praktické části zabývá morfologickými operacemi a klasifikačními postupy. Klasifikace chromosomu byla do 5 skupin (A - G). Všechny algoritmy jsou realizovány v prostředí MATLAB.
|
host ::
RSS.