|
|
Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika
Amlerová, Jana ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Čermák, Pavel (oponent) ; Růžička, Filip (oponent)
Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika MUDr. Jana Amlerová 2019 Abstrakt Tuberkulóza je kontagiózní infekční onemocnění, které představuje celosvětově velký epidemiologicko-klinický problém. Incidence tuberkulózy se v různých oblastech světa výrazně liší, ale i země s nízkou incidencí se epidemiologii tuberkulózy významně věnují. Ve světovém měřítku je tuberkulóza jednou z priorit WHO, spolupráce probíhá na mezinárodní úrovni. Protože je tuberkulóza tzv. sociální nemocí, patří země s vysokým výskytem tuberkulózy mezi země rozvojové. Především v Africe situaci významně komplikuje koincidence tuberkulózy a HIV. V rámci střední Evropy se incidence tuberkulózy pohybuje na nízké úrovni, Česká republika patří mezi země s nejnižší incidencí vůbec. V posledních letech se u nás pohybuje incidence těsně pod 5 novými případy na 100 000 obyvatel za rok. Tato situace je mimo jiné také výsledkem vysoké úrovně surveillance tuberkulózy a aplikací účinných epidemiologických opatření s oporou v legislativě. Předkládaná dizertační práce se věnuje několika oblastem problematiky tuberkulózy s hlavním zaměřením na moderní možnosti laboratorní diagnostiky a především na moderní metody...
|
|
|
Molecular epidemiological analysis of carbapenem resistant isolates of Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp.
Šrámková, Anna ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Gniadkowski, Marek (oponent)
Rozvoj a šíření antibiotické rezistence představuje jeden z nejzávažnějších medicínských problémů současnosti. Pokračující vzestup incidence karbapenem-rezistentních gramnegativních izolátů, které často postihují vážně stonající pacienty, je reálným důvodem k obavám. Celosvětová diseminace karbapenemáz je významně spojena s přenosem genů rezistence prostřednictvím mobilních genetických elementů a klonálním šíření epidemiologicky úspěšných kmenů. Zaměřením této disertační práce je molekulárně-epidemiologická analýza gramnegativních karbapene- máza-pozitivních kmenů zachycených v nemocnicích na území České republiky. Od roku 2015 byl v České republice zaznamenán signifikantní nárůst incidence karbapenemáza-pozi- tivních Enterobacteriaceæ (CPE), převážně způsobený rozšířením enzymů OXA-48 a NDM. Podařilo se nám zmapovat první velké epidemické epizody a sporadické izoláty detekované v ČR. Výsledky studie zaměřená na enzymy OXA-48-like prokázaly, že plasmidy nesoucí gen blaOXA-48, které byly identifikovány jako deriváty archetypálního IncL plazmidu původně detekovaného v Turecku, hrají hlavní roli v šíření enzymu OXA-48 v českých nemocnicích. Toto zjištění je ve shodě s výsledky publikací z ostatních zemí světa. Studie zabývající se NDM-pozitivními izoláty prokázala, že IncX3 enzymy představují hlavní...
|
|
|
Development and Validation of Methods for Typing of Bacteria by MALDI-TOF Mass Spectrometry
Chudějová, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Dolejská, Monika (oponent) ; Nyč, Otakar (oponent)
1 ABSTRAKT Infekce spojené s nemocniční péčí se ve značné míře podílejí na mortalitě a morbiditě ve zdravotnických zařízeních. Riziko vzniku nozokomiálních infekcí se významně liší u různých skupin pacientů v závislosti na charakteru jejich primárního onemocnění, komorbiditách, poskytované péči, délce hospitalizace a také typu použitých diagnostických a léčebných postupů. Velkou roli mohou také hrát umělé materiály jako jsou centrální žilní katetry, shunty, močové cévky, kloubní a chlopenní náhrady, nebo umělá plicní ventilace. Většina nozokomiálních infekcí je způsobena zástupci čeledi Enterobacteriaceæ, členy rodů Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., nebo některými grampozitivními bakteriemi, zejména rody Staphylococcus spp. a Enterococcus spp. Což je především umožněno jejich schopností uchovávat a přenášet různé typy rezistencí k antimikrobním látkám. Identifikace a typizace těchto patogenních organismů je proto nepostradatelným nástrojem moderního sledování infekčních onemocnění v oblasti veřejného zdraví, nejen pro vhodnou a účinnou léčbu infekcí, ale i v případě výskytu epidemických epizod. Pochopení klonální kontinuity mezi vyšetřovanými kmeny je nezbytné pro určení zdroje a cesty šíření infekcí, potvrzení nebo vyloučení epidemických epizod, sledování zkříženého přenosu patogenů souvisejících se...
|
|
| |
|
|
Molekulární typizace izolátů z komplexu Arthroderma benhamiae, původce epidemické zoonotické dermatofytózy v Evropě
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hrabák, Jaroslav (oponent)
Před několika lety byl druh Arthroderma benhamiae mezi klinickými mykology téměř neznámý, přesto dnes působí v České republice kolem 40 % dermatofytických infekcí přenesených ze zvířat na člověka. Rezervoárem druhu jsou především morčata a další hlodavci. Podobná situace je i v dalších státech střední a západní Evropy. Příčina výrazného nárůstu v incidenci infekcí zatím nebyla zjištěna, stejně jako nebyly navrženy dostatečně variabilní molekulární markery, které by tuto příčinu pomohly odhalit. Pro potřeby studie byly vybrány izoláty (n=268) z případů lidských i zvířecích dermatofytóz z ČR, Německa, Belgie, Švýcarska, Itálie, Japonska a USA. K odhalení vnitrodruhové variability bylo navrženo deset variabilních mikrosatelitních markerů a byla provedena sekvenční analýza dvou genetických lokusů (oblast ITS rDNA a gen gpdh). Studován byl také fenotyp kmenů na úrovni mikro- a makromorfologie, a růstové parametry kmenů při několika teplotách a na několika kultivačních médiích. Určeny byly i párovací typy jednotlivých izolátů a provedeny křížící pokusy mezi geneticky příbuznými i vzdálenými kmeny. Sekvenční analýza odhalila celkem 6 různých genotypů (SG1-SG6) mezi kmeny druhu A. benhamiae, většina (99%) kmenů patřila do 3 hlavních subpopulací: americko-evropské (SG1), evropské (SG2) a evropsko-japonské...
|
|
|
Proteolytické enzymy vegetativních forem a spor bakterie Paenibacillus larvae
Hrabák, Jaroslav ; Martínek, Karel (vedoucí práce) ; Kotyza, Jaromír (oponent) ; Titěra, Dalibor (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Lékařská fakulta v Plzni Ústav mikrobiologie Proteolytické enzymy vegetativních forem a spor bakterie Paenibacillus larvae (Dizertační práce) Jaroslav Hrabák Plzeň, 2007 Jaroslav Hrabák Dizertační práce 1 Název: Proteolytické enzymy vegetativních forem a spor bakterie Paenibacillus larvae (Proteolytic Enzymes of Vegetative Forms and Spores of the Bacterium Paenibacillus larvae) Autor: Ing. Jaroslav Hrabák Pracoviště: Ústav mikrobiologie Lékařská fakulta v Plzni Univerzita Karlova v Praze Adresa fakulty: Husova 3, 305 06 Plzeň Adresa pracoviště: Dr. E. Beneše 13, 305 99 Plzeň Školitel: RNDr. Karel Martínek, Ph.D. Studijní program: Všeobecné lékařství Obor: Lékařská mikrobiologie Rok vydání: 2007 Místo vydání: Plzeň Počet číslovaných stran: 94 Počet obrázků: 33 Počet tabulek: 5 Počet příloh: 0 Počet citovaných pramenů: 75 Jaroslav Hrabák Dizertační práce 2 Obsah Obsah…………………………………………………………………………………….. 2 Prohlášení………………………………………………………………………………… 6 Předmluva………………………………………………………………………………... 7 Souhrn……………………………………………………………………………………. 8 Summary…………………………………………………………………………………..10 1. Úvod…………………………………………………………………………………… 12 1.1. Taxonomické zařazení bakterie Paenibacillus larvae………………………..12 1.2. Patogeneze moru včelího plodu……………………………………………....14 1.3. Fyziologie bakterie P. larvae s...
|
|
| |
host ::
RSS.