|
|
Analýza rytmu z intervalů RR
Novotný, Jiří ; Škutková, Helena (oponent) ; Kozumplík, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce řeší problematiku automatické klasifikace srdečního rytmu, založené na posloupnosti RR intervalů. Její teoretická část se zabývá charakteristikou arytmií, které byly klasifikovány, a principy detektorů a klasifikátorů použitých v této práci. V praktické části byl v Matlabu realizován detektor komplexů QRS založený na výpočtu obálky EKG signálu. Dále byl vytvořen algoritmus ke klasifikaci arytmií na základě analýzy RR intervalů. Spolehlivost detektoru a účinnost klasifikátoru byla ověřena na standardní databázi CSE. Senzitivita detektoru byla 98,28% a jeho pozitivní prediktivní hodnota byla 98,38%. Diagnózy realizovaného klasifikátoru se v 73,17% shodovaly s diagnózami kardiologů.
|
|
|
Prostorové uspořádání molekul proteinů
Novotný, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo seznámit se s prostorovým uspořádáním molekul proteinů, s jejich získáváním, způsoby zápisu a veličinami sloužícími k jejich popisu. Predikce proteinových struktur je velice důležitá pro zjištění funkce budoucích proteinů. Dalším cílem bylo vytvoření funkce v prostředí MATLAB, která bude graficky reprezentovat prostorové uspořádání páteřní struktury proteinu formou Ramachandranova diagramu. Společně s touto funkcí vytvořit další funkci k vykreslení postraních řetězců aminokyselin a funkci k výpočtu stereochemické kvality. Nakonec vytvořit program pro kompletní vyhodnocení prostorového uspořádání molekuly proteinu a výpočtu stereochemické kvality a otestování programu na proteinových strukturách z veřejné databáze RSCB PDB.
|
|
|
Metody detekce selekce v DNA sekvencích
Procházka, Ondřej ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem diplomové práce jsou metody detekce selekce v DNA sekvencích. V úvodu se popíše molekulární evoluce. Uvedeme, čím je způsobena a jak se projevuje. Dále budou popsány genové mutace a mechanismy šíření a fixace. Rozebereme si podrobně selekci a obecné matematické vztahy pro selekční tlak. Definujeme pozitivní, negativní a neutrální selekci. Práce se zaměří na výpočetní metody evolučních vzdáleností synonymních a nesynonymních substitucí. Budou popsány tři metody pro výpočet selekčního tlaku – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo a Comeron. Popíšeme veškeré modely matematickými vztahy. Pro statistické vyhodnocení jednotlivých selekcí budou zavedeny statistické testy – využívat se bude z-test. V praktické části budou informace o vytvořeném softwaru, který ze sekvencí z veřejných databází ve formátu GenBank vypočítá selekční tlak a zobrazí oblasti selekce na základě statistického testu. Program bude využit na dva datové sety dvou různých genových kódů. Jejich výsledky budou porovnávány. Zhodnotíme všechny tři metody výpočtu selekčního tlaku a vlivu vstupních parametrů.
|
|
|
Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Hávová, Mariana ; Babula, Petr (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Změny v počtu a ve struktuře chromozomů jsou příčinou řady vážných onemocnění. K odhalení chromozomálních změn slouží cytogenetická vyšetření, která nejčastěji vedou k sestavení karyotypu. Pro účely cytogenetických analýz se chromozomy vizualizují pomocí vhodných metod a nejčastěji se následně sestavují do karyotypu. Protože ruční stanovení karyotypu je časově i finančně náročné, vyvíjí se přístupy k automatickému karyotypování pomocí počítačového softwaru. Automatické karyotypovací systémy klasifikují chromozomy do tříd na základě identifikačních znaků, specifických pro každý chromozom. Automatickou klasifikaci však nejvíce limituje přítomnost překrývající se a silně ohnutých chromozomů, přítomných v téměř každé mitóze. Přesnost a spolehlivost karyotypovacích systémů stále závisí na zásahu uživatele. Cílem vývoje nových přístupů k automatickému karyotypování je tedy zejména překonání výše zmíněných problémů a dále vývoj takových klasifikačních metod, které umožňí klasifikaci chromozomů do párů bez lidské kontroly.
|
|
|
Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy
Dvořáček, Tomáš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou vzniku a kompenzace geometrických zkreslení u 1D elektroforézy na agarózovém gelu. Diplomová práce rozebírá problematiku příčin vzniku těchto deformací a shrnuje teorii, nutnou k jejich kompenzaci. Na základě takto získané teorie a vytvořených elektroforetických fantomů, obsahuje práce několik návrhů algoritmů pro kompenzaci vzniklých deformací. Tyto návrhy jsou dále přetvořeny do funkcí, které jsou spojeny do funkčního uživatelského rozhraní, sloužící k analýze obrazu gelu a pro kompenzaci geometrických deformací.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Jaroš, Luboš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Rozvoj moderní medicíny umožňuje studovat lidský genom a odhalovat predispozice pro odlišné nemoci. Jednou z takových technik je analýza lidského karyotypu, tedy souboru všech chromosomů. Nejdůležitějším krokem při analýze karyotypu je detekce chromosomů a jejich kategorizace. V práci jsem navrhl nový algoritmus pro detekci a kategorizaci chromosomů do sedmi skupin z mikroskopického snímku vzorku DNA. Implementace algoritmu byla provedena v prostředí Matlab. Pro ověření přesnosti segmentace a klasifikace chromosomů byl algoritmus testován na snímcích ze dvou databází (117 a 38 snímků). Sensitivita segmentace činí 88% a pozitivní prediktivní hodnota segmentace je 92%. Úspěšnost párování chromosomů je 77%.
|
|
|
Fuzzy klasifikace DNA sekvencí
Těthal, Jiří ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá Fuzzy klasifikací sekvencí DNA. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o fuzzy logice a metodách jejího využití v klasifikaci biologických sekvenčních dat. Druhá část se již prakticky zabývá řešením klasifikačního algoritmu pro posouzení podobnosti sekvencí. Konkrétně pro rozdělení kódujících a nekódujících částí sekvence a využití fuzzy klasifikace v DNA barcodingu.
|
|
| |
|
|
Mobilní aplikace pro monitorování depresivních stavů
Kamenská, Veronika ; Bartoň, Vojtěch (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Bakalářská práce Mobilní aplikace pro monitorování depresivních stavů má za cíl vytvořit funkční mobilní aplikaci v prostředí MIT app inventor. Tato aplikace nabízí několik testů pro zhodnocení psychického stavu a možností tato data odeslat. Součástí práce je následně vytvoření počítačového softwaru v prostředí Python, který slouží pro psychology, kteří mají možnost data z mobilní aplikace zobrazit a vyhodnotit psychický stav pacienta. V návaznosti na aplikaci také zhotovit PC software pro vyhodnocování stavu psychology, pro zefektivnění práce mezi jednotlivými konzultacemi. A v závěru práce statisticky vyhodnotit výsledky testovaní získané během zimního semestru roku 2020.
|
host ::
RSS.