Original title: Mikrobiální genomika jako nástroj pro populační studie multirezistentních gramnegativních bakterií
Translated title: Microbial Genomics for Population Studies of Multiresistant Gram-Negative Bacteria
Authors: Finianos, Marc ; Bitar, Ibrahim (advisor) ; Žemličková, Helena (referee) ; Lengerová, Martina (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2024
Language: eng
Abstract: Karbapenemázy produkující Enterobacterales (CPE) se staly globálním zdravotním problémem, zejména kvůli jejich spojení s infekcemi získanými v nemocnicích, což významně omezuje možnosti léčby, neboť tyto bakterie vykazují rezistenci vůči mnoha antibiotikům. Ve většině případů se tato rezistence šíří enzymy mezi druhy a klony, přičemž zásadní roli v tomto procesu hrají plazmidy a další mobilní genetické prvky. Cílem této práce je proto charakterizovat mechanismus rezistence vůči karbapenemům a identifikovat mechanismy jejího šíření. Použitá metodologie zahrnuje identifikaci bakteriálních druhů a genů kódujících karbapenemázové enzymy, sekvenování krátkých úseků DNA a následné sekvenování dlouhých úseků DNA, které poskytuje kompletní genom s kruhovými plazmidy. To umožňuje detailní analýzu plazmidů a mobilních genetických prvků podílejících se na šíření genů rezistence. Další analýzy zahrnují studium SNPs, tvorbu fylogenetických stromů s genomy dostupnými v databázích a další. Výsledky ukázaly, že šíření některých genů, jako je blaKPC, bylo spojeno s přenosem plazmidů, což je dáno jejich konjugativní povahou. Dále bylo zjištěno, že šíření blaVIM v České republice bylo převážně spojeno s integronem In110, přičemž plazmidy také přispívaly k jeho šíření. Naopak u izolátů s genem blaGES bylo zjištěno,...
Keywords: Acinetobacter; carbapenem; carbapenemase; colistin; CPE; Enterobacterales; polymyxin; Pseudomonas; Acinetobacter; CPE; Enterobacterales; karbapenem; karbapenemázy; kolistin; polymyxin; Pseudomonas

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/195686

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-668388


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses