Název:
Genetická variabilita u roztoča Varroa destruktor v sekvencii mitochondriálnej DNA
Autoři:
Demešová, Lenka Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok:
2022
Jazyk:
slo
Abstrakt: [cze][eng] Jednou z nejpoužívanějších molekulárních metod variability roztočů rodu Varroa je analýza sekvencí mtDNA. Nejčastěji se využívají mitochondriální markery, jako například COXI, COXIII, CYTB, nebo jejich vzájemné kombinace. Cílem naší práce byla analýza mitochondriálních sekvencií a nasledné posouzení variability roztoče Varroa destruktor v rámci populací, i mezi nimi navzájem. Pro zkoumání této variability jsme využili mtDNA, konkrétně gen COXI. Sekvenováné úseky jsme pomocí softwarů MEGA X, DNA SP 6 a Arlequin 3.5.2.2 navzájem porovnávali. Na základě toho jsme našli variabilní sekvence, většinou substituce. To nám potvrdilo, že roztoče se navzájem odlišují nejen v rámci jedné populace, ale i mezi různými populacemi navzájem. Rovněž jsme identifikovali čtyři rozdílné druhy haplotypů. Do konkrétního druhu umíme zařadit jedince, pokud je rozdíl v sekvenci 2 % nebo méně. Mezidruhový rozdíl je přibližně 6 %. Díky tomu jsme vytvořili fylogenetický strom, do kterého jsme zařadili všechny zkoumané roztoče.One of the most widely used molecular methods to determine the variability of Varroa mites is the analysis of the mtDNA sequences. Mitochondrial markers, such as COXI, COXIII, CYTB, or a combination thereof, are the most commonly used. The aim of our work was the analysis of mitochondrial sequences and the subsequent assessment variability of the Varroa destructor mite within populations, as well as between populations. We used mtDNA, specifically the COXI gene, to investigate this variability. We compared the sequenced sections using MEGA X, DNA SP 6, and Arlequin 3.5.2.2 software. Based on this, we found variable sequences, mostly substitutions. This confirmed to us that mites differ from each other not only within one population but also between different populations. We also identified four different types of haplotypes. We can classify an individual into a specific species if the difference in the sequence is 2 % or less. The interspecies difference is approximately 6 %. Thanks to this, we created a phylogenetic tree, in which we included all the studied mites.
Klíčová slova:
COXI; mtDNA; Varroa destructor