Original title: Izolace DNA z rostlinných tkání pro použití v polymerázové řetězové reakci
Translated title: DNA extraction from plant tissues for polymerase chain reaction analysis
Authors: Trojánek, Zdeněk ; RNDr.Roman Matyášek, CSc. (referee) ; Rittich, Bohuslav (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Extrakce nukleových kyselin je důležitým krokem pro všechny molekulárně-biologické studie. Proces izolace rostlinné DNA je komplikovaný vzhledem k přítomnosti polyfenolů, polysacharidů a jiných metabolitů, které mohou být izolovány současně s DNA a působit jako inhibitory PCR. Cílem této práce bylo porovnat mezi sebou klasickou metodu izolace rostlinné DNA – metoda CTAB, komerční kit DNeasy Plant Mini Kit, přímou homogenizaci, polymerní neporezní magnetické nosiče funkcionalizované karboxylovými skupinami a kombinaci výše uvedených metod pro izolaci DNA z různých rostlin a potravin rostlinného původu. DNA izolovaná jednotlivými metodami byla hodnocena z hlediska množství, čistoty a použití v PCR. Všechny metody poskytly DNA v kvalitě vhodné pro PCR. Nicméně jednotlivé metody vykazovaly rozdíly v množství a čistotě izolované DNA, pracnosti izolace DNA a ceně. Kombinací přímé homogenizace a magnetických nosičů pokrytých karboxylovými skupinami byla izolována DNA z různých rostlin a potravin rostlinného původu v kvalitě vhodné pro konvenční PCR, PCR v reálném čase a restrikční analýzu. Tato metoda je časově nenáročná, jednoduchá a nevyžaduje práci se škodlivými látkami. Extraction of nucleic acids is an important step for all molecular biological studies. The process of isolation of plant DNA is complicated due to the presence of polyphenols, polysaccharides and other metabolites. They can be co-isolated with DNA and act as PCR inhibitors. The aim of this study was to compare CTAB extraction procedure, Qiagen DNA easy kit, direct homogenization, carboxyl-functionalised magnetic non-porous HEMA based microspheres and combination of the above mentioned methods for DNA isolation from different plants. The DNA was evaluated regarding concentration, purity and amplification in PCR. All methods provided DNA that could be used in downstream PCR applications. However, there were differences regarding yield, purity, labour intensiveness and cost. Combination of direct homogenization and magnetic microspheres coated by carboxyl groups was isolated DNA from various plants and plant foods in a quality suitable for convectional PCR, real time PCR and restriction analysis. This method is fast, simple and does not require work with harmful substances.
Keywords: inhibitors of PCR; Isolation of plant DNA; magnetic microspheres; polymerase chain reaction (PCR); inhibitory PCR; Izolace rostlinné DNA; magnetické nosiče; polymerázová řetězová reakce (PCR)

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/25516

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-613615


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses