Original title:
Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací
Translated title:
Bacterial Pan-Genome Analysis
Authors:
Lorková, Ema Marta ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2022
Language:
slo Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[slo][eng]
Táto bakalárska práca sa zaoberá analýzou pangenómu u bakteriálnych populácií. V prvej časti je opísaný genóm, pseudogény, baktérie vrátane ich genómu, pangenóm a jeho súčasti. Uvedený je popis štyroch vybraných nástrojov na analýzu pangenómu. V praktickej časti je prevedené testovanie týchto nástrojov a porovnanie ich výstupov pre genóm danej baktérie. Nakoniec je navrhnutý algoritmus pre vlastnú metódu analýzy, opísaný je vlastný program a získané výsledky.
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.
Keywords:
bacteria; genome; pan-genome analysis
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/205741