Original title:
Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Translated title:
Whole genome alignment using suffix trees
Authors:
Klouba, Lukáš ; Sedlář, Karel (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor) Document type: Master’s theses
Year:
2017
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání.
The aim of this thesis is to create an algorithm that allows the alignment of the genome of two organisms by means of suffix structures and to implement it into the programming language environment R. The thesis deals with the description of the construction of the suffix structures and the methods of whole genome alignment. The result of the thesis is a functional algorithm for whole genome alignment by means of suffix structures implemented in the software environment R and its comparison with similar programs for the whole genome alignment.
Keywords:
R; suffix array; suffix tree; Ukkonen’s algorithm; whole-genome alignment; celogenomové zarovnání; R; sufixová pole; sufixové stromy; Ukkonenův algoritmus
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/65466