Original title: Metody vyhledávání tandemových repetic v DNA sekvencích
Translated title: Methods of DNA tandem repeats analysis
Authors: Havlík, Kryštof ; Sedlář, Karel (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
V této práci je objasněna základní problematika repetitivní DNA a jsou zde zhodnoceny vyhledávače tandemových repetic bezplatně dostupné široké veřejnosti. V praktické části práce je popsán algoritmus sloužící k vyhledávání tandemových repetic založený na převodu sekvence DNA do číselného formátu. Následuje zpracování vzniklého signálu pomocí krátkodobé Fourierovy transformace, vytvoření spektrogramu, jehož analýza slouží k nalezení pozice a obsahu repetitivních oblastí. Výsledkem práce je porovnání výstupů vybraných volně dostupných programů s vytvořeným programem a zhodnocení výhod a nevýhod. This work clarifies basics of the repetitive DNA and evaluates thee tandem repeats finders, which are accessible to public free of payment. Second part describes an algorithm used for searching tandem repeats, based on converting DNA string into numerical signal. Then follows signal processing using short-time Fourier transform, formation of spectrogram and analysis for evaluating position and content of repetitive areas. Result of this work is comparison of outcomes provided by public accessible programs with results of created program and review of advantages and disadvantages.
Keywords: Fourier transform; numerically represented DNA.; Repetitive DNA; tandem repeats; Fourierova transformace; numericky reprezentovaná DNA.; Repetitivní DNA; tandemové repetice

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/40697

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-604362


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses