Original title: Optimalizace distribuovaného I/O subsystému projektu k-Wave
Translated title: Optimization of the Distributed I/O Subsystem of the k-Wave Project
Authors: Vysocký, Ondřej ; Klepárník, Petr (referee) ; Jaroš, Jiří (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Práce se zabývá řešením efektivního paralelního zápisu a čtení dat pro nástroj k-Wave, provádějící simulací šíření ultrazvuku. Tento nástroj je superpočítačovou aplikací, proto je spouštěn na souborovém systému Lustre a vyžaduje paralelní zpracování pomocí MPI a zápis ve formátu vhodném pro velké množství dat (HDF5). V rámci této práce byly navrženy metody efektivního způsobu zápisu dat dle potřeb k-Wave, pomocí kumulace dat a přerozdělování. Všechny metody zrychlily nativní zápis a vedly až k rychlosti zápisu 13,6GB/s. Popsané metody jsou použitelné pro všechny aplikace s distribuovanými daty a častým zápisem. This thesis deals with an effective solution of the parallel I/O of the k-Wave tool, which is designed for time domain acoustic and ultrasound simulations. k-Wave is a supercomputer application, it runs on a Lustre file system and it requires to be implemented with MPI and stores the data in suitable data format (HDF5). I designed three methods of optimization which fits k-Wave's needs. It uses accumulation and redistribution techniques. In comparison with the native write, every optimization method led to better write speed, up to 13.6GB/s. It is possible to use these methods to optimize every data distributed application with the write speed issue.
Keywords: HDF5; Hierarchical Data Format; I/O; k-Wave; Lustre; MPI; Optimization; Parallel Programming; Supercomputer; Write; HDF5; I/O; k-Wave; Lustre; MPI; optimalizace; paralelní programování; superpočítač; zápis

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/61900

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-601083


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses