Název: Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárních automatů
Překlad názvu: Prediction of Secondary Structure of Proteins Using Cellular Automata
Autoři: Brigant, Vladimír ; Drahošová, Michaela (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2013
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato práce popisuje návrh metody predikce sekundární struktury proteinů založenou na celulárních automatech (CA) - CASSP. Optimální parametry modelu a přechodové funkce jsou získany pomocí evolučního algoritmu. Predikční model využíva pouze statistických vlastností aminokyselin, takže je velice rychlý. Dosažené výsledky byly porovnány s výsledky existujících metod. Byla také otestováná společná predikce navrženého systému CASSP s existujícím nástrojem PSIPRED. Nepodařilo se však dosáhnout výsledků, ktoré by tento existujíci nástroj převyšovali. Částečné zlepšení se dosáhlo při predikci pouze motivů sekndární struktury alpha-helix, co může pomoci v případe, že požadujeme co nejpřesenjší predikcii právě těchto motivů. K navrženému systému bylo také vytvořeno webové rozhraní. This work describes a method of the secondary structure prediction of proteins based on cellular automaton (CA) model - CASSP. Optimal model and CA transition rule parameters are acquired by evolutionary algorithm. Prediction model uses only statistical characteristics of amino acids, so its prediction is fast. Achieved results was compared with results of other tools for this purpose. Prediction cooperation with a existing tool PSIPRED was also tested. It didn't succeed to beat this existing tool, but partial improvement was achieved in prediction of only alpha-helix secondary structure motif, what can be helful if we need the best prediction of alpha-helices. It was developed also a web interface of designed system.
Klíčová slova: celulární automat; evoluční algoritmus; proteinové predikce; sekundární struktura proteínů; cellular automata; evolutionary algorithm; protein prediction; secondary protein structure

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/53473

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-599112


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce