Original title: Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů
Translated title: Comparison of mitochondrial DNA for species identification
Authors: Labounek, René ; Provazník, Ivo (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2010
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Práce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak. The work deals with the method of recognizing species on the analysis of mitochondrial DNA segment. This analysis and classification using segment gene called CO1 in literatures such as barcode of life. In the beginning of work is analyzed the mitochondrial theory of heredity and conditions of formation of barcode. Practical use is based on this theory in creating database of barcodes generated to different animal species. Data used for creating the library are drawn from public databases NCBI and BOLD Systems. The next part of this work concerns about methods of comparison of the individual barcodes to the others and especially to the barcode of human. Three main computing methods were used tore these analyses: Needleman-Wunsch algorithm, Smith- Waterman algorithm and comparison of similarities using distance matrix. This work also concerns about transformation of DNA molecule sequences from symbols to numeric formats, which is required for the distance matrix comparison method. Algorithms for searching for a barcode of a species and vice versa were created to ease the work with data.
Keywords: barcode; barcode flag; BOLD Systems; data; database; distance matrix; gene CO1; genome; mitochondria; mitochondrial DNA; NCBI; Needleman-Wunsh algorithm; numerical format; Smith-Waterman algorithm; species; specimen; BOLD Systems; data; databáze; distanční matice; druh; gen CO1; genom; jedinec; mitochondrie; mitochondriální DNA; NCBI; Needleman-Wusnchův algoritmus; numerický formát; Smith- Watermanův algoritmus; vlajka čárového kódu; čárový kód

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/14269

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-596516


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses