Original title: Nástroj pro správu databáze sekvenčních typů patogenních bakterií
Translated title: Management tool for sequence types database of pathogenic bacteria
Authors: Františová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2018
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Předmětem této bakalářské práce je návrh a vytvoření nástroje pro správu databáze dosud známých sekvenčních typů patogenních bakterií. Základem práce je návrh převodního klíče nové techniky pro typizaci patogenních bakterií vytvořené ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Metoda je založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ. V prvních dvou kapitolách jsou diskutovány výhody a nevýhody nejpoužívanějších molekulárně-biologických metod a z nich vycházejících metod pro bakteriální typizaci. Další tři kapitoly pak představují návrh převodního klíče pro novou metodu, jeho implementaci do prostředí MATLAB a výsledný nástroj složený ze dvou programů. Výpočet převodního klíče je součástí prvního z programů, druhý program umožňuje zpětně vyhledat konkrétní melt a příslušný sekvenční typ, a tak snadno srovnat sekvenační a PCR data. The objective of this bachelor thesis is to design and create a management tool for sequence types database of pathogenic bacteria. The basis of this thesis is the designing a transfer key for the new molecular technique for typing of bacteria, which was created in cooperation with Centre of Molecular Biology and Gene Therapy, Department of Internal Medicine – Haematooncology, University Hospital Brno. The new method is based on translation sequence type to appropriate melt type. In the first two chapters, the advantages and disadvantages of the most used methods in molecular biology and the most favorite typing methods are discussed. Another three chapters introduce designing of the transfer key, its implementation in the MATLAB environment and the final management tool consisted of two programmes. The first program includes transfer key computation and the second program allows particular melt type and appropriate sequence types retrieval, which is an easy way to compare sequential and PCR data.
Keywords: melt type; Minim Typing; Multi Locus Sequence Typing; sequence type; transfer key; melt typ; mini typizace; převodní klíč; sekvenční typ; typizace dle sekvencí mnoha lokusů

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/197301

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-590323


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses