Original title: Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů
Translated title: Analysis of the Tools for Detecting Similarities between Tertiary Protein Structures
Authors: Trlica, Jiří ; Vogel, Ivan (referee) ; Bendl, Jaroslav (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Porovnání trojrozměrných struktur proteinů má zásadní význam pro molekulární biologii. Jedním z nejvýznamnějších je možnost odvodit funkci neznámého proteinu od strukturně podobného proteinu, jehož funkce je již známá. Nástrojů pro zarovnání struktur existuje celá řada. V rámci této práce bylo vybráno pouze pět z nich, lišících se různými principy výpočtu. Kvalita nástrojů byla ověřena na třech proteinech z hlavních proteinových tříd (all-α, all-β, α/β), které byly zarovnány vůči podmnožině struktur z databáze PDB čítající 2 357 proteinů. Výsledky byly vizualizovány prostřednictvím ROC křivek a nástroje srovnány podle hodnoty ploch pod těmito křivkami (metrika AUC). Podle této metriky byl nejúspěšnějším nástrojem SPALIGN. Alignment of the three-dimensional structures of proteins is an essential task in bioinformatics. Because there are many tools offering this functionality, only a limited subset of them was chosen for comparison (DALI, LOCK 2, SPALIGN, MUSTANG and CLICK). These tools vary in the principle of calculation. Their performance was measured on three proteins, which represent main protein classes (all-α, all-β, α/β). These proteins were tested against a subset of PDB database containing 2 357 records. The results were visualized by ROC curves and the tools were compared by their area under ROC curve (AUC metric). According to this metric, the best results were obtained for SPALIGN.
Keywords: Amino acid; CLICK; DALI; LOCK; MUSTANG; protein fold comparison; protein structure alignment; protein structures; ROC.; SPALIGN; structural alignment software; Aminokyselina; CLICK; DALI; LOCK; MUSTANG; porovnání proteinových foldů; proteinové struktury; ROC.; software pro strukturní zarovnání; SPALIGN; zarovnání proteinových struktur

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/54854

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-584944


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses