Název: Zarovnávání částí DNA
Překlad názvu: Alignment of DNA Parts
Autoři: Pejř, Václav ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2010
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato práce si klade za cíl zjistit, jaké jsou možnosti v oblasti zarovnávání DNA sekvencí. Na základě těchto zjištění nalézt nejlepší řešení s ohledem na rychlost výpočtu a kvalitu zarovnání. Následně toto řešení implementovat a vytvořit tak fungující program, který bude zarovnání provádět. Práce se nejprve zaměřuje na uvedení do problematiky týkající se biologie, DNA a genetiky. Po uvedení následuje přehled algoritmů, které se pro zarovnávání používají, jejich zhodnocení a výběr nejvhodnějšího algoritmu pro implementaci. Dále se také práce zaměřuje na oblast využití paralelního programování pomocí knihoven OpenCL. Zarovnání se provádí nad mnoha sekvencemi současně, zkoumají se tedy metody jak toto zarovnání provádět a jak dosáhnout nejlepších výsledků. This thesis deals with finding the possibilities within the sphere of alignment of DNA sequences. Based on these findings, the best solution should be found with regard to the quickness of computation and quality of alignment. Following this I intend to implement and thus create a functioning program that will do the alignment. The thesis starts with introducing issues dealing with biology, DNA and genetics. The introduction is followed by a survey of algorithms that are used for alignment, their evaluation and selection of the most appropriate algorithm for the implementation. The thesis also focuses on the usage of parallel programming by means of OpenCL libraries. The alignment is being done above many sequences at the same time, so that the methods how this process can be done and how to reach the best results are being examined.
Klíčová slova: adenosin; biologie; blast; báze; clustal; CUDA; cytosin; DNA; genetika; guanin; kernel; Needleman-Wunsch; OpenCL; paralelismus; sekvence; Smith-Watermann; thymin; zarovnání.; adenosin; alignment.; basis; biology; blast; clustal; CUDA; cytosin; DNA; genetics; guanin; kernel; Needleman-Wunsch; OpenCL; paralelism; semence; Smith-Watermann; thymin

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/52990

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-571228


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce