Original title: Genotypizace bakterií na základě teploty tání oligonukleotidů
Translated title: Bacterial genotyping based on the oligonucleotide melting temperature
Authors: Šandová, Hana ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2020
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá genotypizačními metodami, které využívají teplotu tání oligonukleotidů. V teoretické části je popsána DNA, je vysvětlen pojem typizace a jsou zde popsány laboratorní i výpočetní metody genotypizace. V praktické části byly v programovacím prostředí MATLAB navrženy funkce pro výpočet teploty tání ze sekvence a pro jejich spuštění bylo vytvořeno grafické uživatelské prostředí. Dále byla zpracovávána reálná data změřená pro 52 izolátů bakterie Klebsiella pneumoniae poskytnutá FN Brno. Byly porovnávány laboratorně určené teploty tání s teoretickými výpočty. Nakonec bylo zjišťováno, zda je možná klasifikace bakterií shlukovacími metodami na základě teoreticky vypočtených teplot tání oligonukleotidů. This bachelor’s thesis deals with genotyping based on the oligonucleotide melting temperatures. In the theoretical part, DNA, typing, experimental and theoretical genotyping methods are described. The practical part of the thesis deals with a program that is designed to calculate the melting temperatures of sequences based on different methods, and the graphical user interface was created. In the following part, the measured melting temperatures of bacterial isolates of Klebsiella pneumoniae are compared to the theoretically calculated melting temperatures. In the last part of the thesis, the possibility of genotyping using cluster analysis based on the theoretical melting temperatures is explored.
Keywords: DNA; genotyping; High Resolution Melting analysis; Melting temperature; minim typing; DNA; genotypizace; mini-multilokusová sekvenční typizace; Teplota tání; vysokorozlišovací analýza křivek tání

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/190321

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-566456


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses