Název: Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME
Překlad názvu: Development of workflow for quality control of mass spectrometry data in KNIME environment
Autoři: Schneiderová, Anna ; Zezula, Nikodém (oponent) ; Potěšil,, David (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2022
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Proteomický experiment s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie je velmi komplexní technika s celou řadou proměnných, které mohou ovlivnit kvalitu výstupních dat. Průběžná kontrola kvality výstupních dat a stavu používané instrumentace je proto klíčová pro získání kvalitních dat. Pro systematickou a automatizovanou kontrolu kvality dat bylo navrženo workflow, které bylo následně implementováno v prostředí KNIME. Workflow umožňuje získat a zaznamenat vybrané metriky pro kontrolu kvality, které je možné využít ke sledování variability v datech a zachytit počínající technické problémy systému. Proteomic experiment using liquid chromatography and mass spectrometry is a complex technique with multiple variables that can affect the quality of output data. Data quality control and instrument status monitoring are therefore essential for high quality data acquisition. Designed workflow, implemented within the KNIME environment, allows systematic and automatic data quality control. The workflow allows to obtain and record selected quality control metrics which could be used to ascertain data variability and prevent technical problems.
Klíčová slova: hmotnostní spektrometrie; identifikace peptidů; identifikace proteinů; KNIME; kontrola kvality; kvantifikace peptidů; kvantifikace proteinů; OpenMS; proteomika; Python; SQLite; KNIME; mass spectrometry; OpenMS; peptide identification; peptide quantification; protein identification; protein quantification; proteomics; Python; quality control; SQLite

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/204922

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-565119


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce