Original title: Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Translated title: Preprocessing of 1D gel electrophoresis image
Authors: Jaroš, Luboš ; Škutková, Helena (referee) ; Vítek, Martin (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Gelová elektroforéza je metoda sloužící k separaci a analýze makromolekul, které mají elektrický potenciál. Tato metoda je hojně používaná v mnoha odvětvích vědy a medicíny, avšak trpí na různá zkreslení obrazu. Bakalářská práce nejprve popisuje různé druhy zkreslení a existující metody pro detekci drah a bandů v gelové elektroforéze. Jádro práce představuje novou metodu detekce jednotlivých drah a předzpracování obrazu gelové elektroforézy založenou na výpočtu směrodatné odchylky z horizontální segmentace obrazu, implementovanou v prostředí Matlab. Úspěšnost navržené detekce drah je 96,7 % z testovaných 35 obrazů gelové elektroforézy. Následuje detekce bandů z vertikálního profilu a vykreslení binárního obrazu, který může být použit k další analýze. Přestože není detekce bandů plně automatizována, lze vhodným nastavením dosáhnout úspěšnosti 86,4 %. Gel electrophoresis is an important method used for separation and analysis of macromolecules with electric potential. This well-established method has a big potential in medicine and science, however, the output images often suffer from distortion. This work describes several known sources of distortion and elaborates on existing methods of the track detection in gel electrophoresis. The core of this thesis introduces a new method to detect individual tracks and image pre-processing based on the standard deviation calculated on the horizontal segmentation of the image. The proposed algorithm is implemented and tested in Matlab. The success rate of the proposed method reaches 96,7 % on 35 test images of gel electrophoresis. The next phase is the band detection in the vertical profile and the binary image drawing. Although the band detection is not fully automated, a detection success rate achieves up to 86,4 % when proper setting is used.
Keywords: 1D gel electrophoresis; horizontal segmentation; image distortion; Matlab; vertical segmentation; 1D gelová elektroforéza; horizontální segmentace; Matlab; vertikální segmentace; zkreslení obrazu

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/40738

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-553900


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses