Název: Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA
Překlad názvu: Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data
Autoři: Bieliková, Michaela ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2019
Jazyk: eng
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [eng] [cze]
Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, črevný mikrobióm nie je detailne preštudovaný, pretože obsahuje tisíce rôznych druhov baktérií, z ktorých väčšina sa nedá kultivovať v laboratórnych podmienkach. Riešením tohto problému sú nové rýchle metódy sekvenovania v kombináciou s bioinformatickými nástrojmi na výpočet funkčného profilu baktérií vo vzorke. V tejto práci si predstavíme existujúce nástroje predpovedajúce funkčný profil, a následne navrhneme nový nástroj, ktorý môže implementovať konsenzus nad výsledkami existujúcich nástrojov, alebo sa môže jednať o úplne nový nástroj. Humans are host to an enormous variety of microbes, bacterial, archaeal, fungal, and viral. Some of these can cause serious diseases, but others, particularly gut microbiome, are essential to human life. Unfortunately, gut microbiome is not well documented, since it contains thousands of different kinds of bacteria most of which cannot be cultivated in laboratories, and we do not know all of its functions. The recent solution to this problem seems to be high-throughput sequencing in combination with bioinformatics tools for functional profile prediction. In this thesis, bioinformatics tools for functional profile prediction will be introduces, along with their advantages and disadvantages. The goal of this thesis is to create a new tool for functional profile prediction, which can either employ a consensus of the existing tools, or can be a brand new tool inspired by these.
Klíčová slova: 16S rRNA; bacterial functional profile; bioinformatics; KO profile; metagenomics; PiCRUST; 16S rRNA; bakteriální funkční profil; bioinformatika; KO profil; metagenomika; PiCRUST

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/180377

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-550284


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce