Original title:
Popis proteinů asociovaných s chromatinem v kontextu nukleosomů
Translated title:
Capturing chromatin-associated proteins in nucleosomal context
Authors:
Koutná, Eliška ; Veverka, Václav (advisor) ; Hlouchová, Klára (referee) ; Bařinka, Cyril (referee) Document type: Doctoral theses
Year:
2023
Language:
eng Abstract:
[eng][cze] | 9 ABSTRACT Eukaryotic DNA is stored in the nucleus wrapped around histone octamers in the form of nucleosomes. These basic chromatin units can further associate with DNA-binding factors through DNA and the N-terminal histone tails that are subjected to various covalent posttranslational modifications that, in combination with DNA modifications, define the epigenetic code. Eukaryotic transcription is dependent on these specific histone modifications - their recognition by chromatin reader proteins triggers complex processes relying on the coordinated association of transcription regulatory factors. Although various modification states of a particular histone residue often lead to differential outcomes, it is not entirely clear how they are discriminated at a molecular level. Moreover, the contribution of intrinsically disordered regions outside of the specialized reader domains to nucleosome binding remains unexplored. In this thesis, the main focus is put on the transcription coactivator LEDGF/p75, capable of reading the H3K36me2/3 histone mark, and the pioneer transcription factor Sox2. Using structural biological and biophysical techniques, the interaction of LEDGF and Sox2 with nucleosomes is dissected, describing the peculiarities of intrinsically disordered DNA interacting motifs. Two...| 11 ABSTRAKT Eukaryotická DNA je v buněčném jádře ovinutá okolo histonových oktamerů, a tímto způsobem uložena ve formě nukleosomů. Tyto základní jednotky chromatinu poskytují vazebné rozhraní skrze DNA a N-koncové části histonů, které podléhají kovalentním posttranslačním modifikacím, jež v kombinaci s modifikacemi DNA definují epigenetický kód. Eukaryotická transkripce závisí na těchto specifických histonových modifikacích - jejich rozpoznávání chromatinovými reader proteiny spouští složité procesy, které spoléhají na koordinovanou asociaci transkripčních regulačních faktorů. Ačkoli různé typy modifikací konkrétního histonového residua často vedou k rozdílným funkčním důsledkům, není zcela jasné, jak jsou rozlišovány na molekulární úrovni. Kromě toho, význam vnitřně neuspořádaných oblastí mimo specializované reader domény pro vazbu na nukleosomy je dosud prozkoumán jen málo. Hlavní pozornost v této práci je věnována transkripčnímu koaktivátoru LEDGF/p75, který je schopen číst histonovou značku H3K36me2/3, a iniciačnímu transkripčnímu faktoru Sox2. Pomocí strukturně biologických a biofyzikálních technik je zkoumána interakce LEDGF a Sox2 s nukleosomy, přičemž jsou popsána specifika jejich vnitřně neuspořádaných motivů interagujících s DNA. Dvě cryo- EM struktury LEDGF vázaného na nukleosom...
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/187289