Original title: Základy proteomiky
Translated title: Fundamentals of proteomics
Authors: Harant, K. ; Křenková, Alena
Document type: Papers
Conference/Event: Škola hmotnostní spektrometrie /24./, Milovy (CZ), 20230911
Year: 2023
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat. The first part of the course will be an introduction to proteomics with the aim to show current methods and tools used for proteomic data acquisition and evaluation. In the first part, we will discuss in abbreviated form all steps of the experimental procedure from 1) designing the experiment to be suitable for subsequent LC/MS analysis, 2) sample preparation using examples of immunoprecipitation and complex lysate, to 3) measurement options using Data Dependent or Data Independent acquisition. The course will also include a critical evaluation of the quality of the measured data. The evaluation will focus on the possibilities of data processing in freeware software such as MaxQuant and DIAnn. We will also briefly introduce you to commercial programs - Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. The second part of the course will include an introduction to statistical processing of quantitative proteomic data in Perseus software. Emphasis will be placed on understanding important statistical concepts (data distribution, t-test, ANOVA, p-value, FDR, etc.) and understanding all necessary steps of statistical analysis such as data filtering, data normalization, statistical testing, etc. There will be model data that participants will process during the course.
Keywords: data analysis; mass spectrometry; proteomics
Host item entry: 24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie. Kurz C, ISBN 978-80-88195-47-4
Note: Související webová stránka: http://skolams2023.spektroskopie.cz/kurzy

Institution: Institute of Organic Chemistry and Biochemistry AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available on demand via the digital repository of the Academy of Sciences.
Original record: https://hdl.handle.net/11104/0346884

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-536853


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Organic Chemistry and Biochemistry
Conference materials > Papers