Original title: Antimikrobiální rezistence u klinických izolátů Clostridioides difficile od hospitalizovaných pacientů v České a Slovenské republice.
Translated title: Antimicrobial resistance in clinical isolates of Clostridioides difficile derived from hospitalised patients in the Czech Republic and Slovakia.
Authors: Zíková, Jaroslava ; Krůtová, Marcela (advisor) ; Najmanová, Lucie (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2023
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Clostridioides difficile je jedním z nejčastějších původců kolitid (CDI) spojených s nemocniční péčí. V posledních letech však dochází k rostoucímu počtu hlášených i případů v komunitě. Typizace vyvolávajících kmenů nám umožňuje sledovat výskyt a šíření určitých typů C. difficile (CDI). S cílem aktualizovat data o současné epidemiologické situaci CDI bylo z 23 českých (n=200) a ze 17 slovenských (n=142) nemocnic v období od října do listopadu roku 2021 zasláno 342 izolátů C. difficile nebo vzorků stolic od pacientů s CDI, které byly následně kultivovány. Všechny izoláty C. difficile byly charakterizovány PCR ribotypizací a detekcí genů pro tvorbu toxinů. Z 342 izolátů bylo identifikováno 52 různých ribotypizačních profilů. Nejčastěji detekovanými ribotypy byly 001, 176, 014, 018 a 020. U všech ribotypů byly nalezeny geny pro produkci toxinů A a B. Geny pro binární toxin byly detekovány u 43 (21,5 %) českých izolátů a u 117 (82,4 %) slovenských izolátů. U vybraných izolátů (n=140, 40,9 %) bylo provedeno celogenomové sekvenování (WGS) a testování antimikrobiální citlivosti k 17 antibiotikům (E-test). Pomocí multilokusové sekvenační typizace (7 konzervovaných genů) bylo určeno 30 různých sekvenčních typů z 39 zahrnutých ribotypů. Všechny izoláty C. difficile byly citlivé k vankomycinu, k tetracyklinu,... Clostridioides difficile is one of the most common pathogens of healthcare-associated colitis (CDI). However, in recent years there has been an increasing number of reported cases in the community. Causative strain characterization allows us to track the occurrence and spread of certain C. difficile types. To update the current CDI epidemiological situation, between October and November 2021, 342 C. difficile isolates or stool samples from CDI patients for culture were sent from 23 Czech (n=200) and 17 Slovak (n=142) hospitals. All C. difficile isolates were characterized by ribotyping and toxin genes detection. From 342 isolates, 52 different ribotyping profiles were identified. The frequent ribotypes detected were 001, 176, 014, 018 and 020. Genes for toxins A and B were found in all isolates. Genes for binary toxins were detected in 43 (21,5 %) Czech isolates and in 117 (82,4 %) Slovak isolates. Further, selected isolates (n=140, 40,9 %) were subjected to whole-genome sequencing (WGS) and antimicrobial susceptibility testing to 17 antibiotics (E-test). Multilocus sequencing typing determined 30 different sequence types from the 39 included ribotypes. All C. difficile isolates were susceptible to vancomycin, tetracycline, amoxicillin, and meropenem. The most frequently detected antimicrobial...
Keywords: Antimicrobial resistance; Clostridioides difficile; molecular mechanisms of antimicrobial resistance; ribotyping; whole genome sequencing; Antimikrobiální rezistence; celogenomové sekvenování; Clostridioides difficile; molekulární mechanismy antimikrobiální rezistence; ribotypizace

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/184942

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-535938


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses