|
|
Antimikrobiální rezistence u klinických izolátů Clostridioides difficile od hospitalizovaných pacientů v České a Slovenské republice.
Zíková, Jaroslava ; Krůtová, Marcela (vedoucí práce) ; Najmanová, Lucie (oponent)
Clostridioides difficile je jedním z nejčastějších původců kolitid (CDI) spojených s nemocniční péčí. V posledních letech však dochází k rostoucímu počtu hlášených i případů v komunitě. Typizace vyvolávajících kmenů nám umožňuje sledovat výskyt a šíření určitých typů C. difficile (CDI). S cílem aktualizovat data o současné epidemiologické situaci CDI bylo z 23 českých (n=200) a ze 17 slovenských (n=142) nemocnic v období od října do listopadu roku 2021 zasláno 342 izolátů C. difficile nebo vzorků stolic od pacientů s CDI, které byly následně kultivovány. Všechny izoláty C. difficile byly charakterizovány PCR ribotypizací a detekcí genů pro tvorbu toxinů. Z 342 izolátů bylo identifikováno 52 různých ribotypizačních profilů. Nejčastěji detekovanými ribotypy byly 001, 176, 014, 018 a 020. U všech ribotypů byly nalezeny geny pro produkci toxinů A a B. Geny pro binární toxin byly detekovány u 43 (21,5 %) českých izolátů a u 117 (82,4 %) slovenských izolátů. U vybraných izolátů (n=140, 40,9 %) bylo provedeno celogenomové sekvenování (WGS) a testování antimikrobiální citlivosti k 17 antibiotikům (E-test). Pomocí multilokusové sekvenační typizace (7 konzervovaných genů) bylo určeno 30 různých sekvenčních typů z 39 zahrnutých ribotypů. Všechny izoláty C. difficile byly citlivé k vankomycinu, k tetracyklinu,...
|
|
|
Překryvy regulonů faktorů sigma RNA polymerázy u Corynebacterium glutamicum
Zíková, Jaroslava ; Pátek, Miroslav (vedoucí práce) ; Sudzinová, Petra (oponent)
Faktor sigma (σ) je součástí enzymového komplexu RNA polymerázy. Tento komplex (označovaný jako holoenzym) zajišťuje rozeznání konvenční (consensus) sekvence promotorů jednotlivých genů a iniciaci transkripce. U bakterie Corynebacterium glutamicum bylo nalezeno sedm faktorů. Genom této bakterie kóduje jeden primární faktor σA a dalších šest alternativních faktorů sigma: σB , σC , σD , σE , σH a σM . Tyto alternativní faktory sigma se exprimují v reakci na změny vnitřního nebo vnějšího prostředí a zajišťují přizpůsobení bakterie růstovým podmínkám. Jsou také jedním z mnoha regulátorů exprese genů na úrovni transkripce. Ve specifických případech je regulace exprese genů způsobena alternativními faktory sigma, které rozeznávají příslušné duální (rozpoznávané alternativně dvěma faktory sigma) nebo překrývající se promotory. Tím se geny řízené těmito promotory dostávají do překrývajících se sigma regulonů. Klíčová slova: Corynebacterium glutamicum, faktor sigma, RNA polymeráza, transkripce, promotor, regulony, RNA-seq, in vitro transkripce, in vivo dvouplazmidový test
|
host ::
RSS.