Original title:
Změny v regulaci genové exprese v Akutní lymfoblastické leukemii dětského věku
Translated title:
Disruption of transcription regulatory networks in childhood Acute lymphoblastic leukemia
Authors:
Sadílek, Vojen ; Fišer, Karel (advisor) ; Frič, Jan (referee) Document type: Master’s theses
Year:
2023
Language:
eng Abstract:
[eng][cze] Transcription factor aberrations are the initiating lesion in a majority of pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) cases, often acquired in utero. These mutations play a crucial role in determining the disease phenotype and prognosis. This work advocates for a broad evaluation of the transcriptomic landscape from the viewpoint of transcription factors and their targets. We adapted SCENIC (Aibar et al., 2017), a tool for single-cell gene regulatory network inference, for an extensive dataset of 633 bulk RNA sequencing samples of pediatric ALL. This allows us to evaluate the gene expression profile as a result of transcription factor activity. Furthermore, we aimed to deepen our understanding of valuable preexisting data by incorporating information from several "-omics" databases. We utilized resources of single cell RNA sequencing data, protein-protein interactions and putative cis-regulatory elements in our analysis. Our approach covers the transcriptomic landscape without an overt bias for differentially expressed or highly variable genes. We demonstrate that most B-ALL subtypes have specific patterns of transcription factor activity and, for subtypes initiated by transcription factor mutations, we examine the influence of such aberrations on their activity. With MEF2D as an example, we...Mutace transkripčních faktorů jsou iniciální lézí ve většině případů dětské akutní lymfoblastické leukémie (ALL), často získané in utero. Tyto mutace hrají zásadní roli v utváření fenotypu a prognózy tohoto onemocnění. Tato práce se zaměřuje na široký popis transkriptomické krajiny z pohledu transkripčních faktorů a jejich cílů. Přizpůsobili jsme SCENIC (Aibar et al., 2017), nástroj pro inferenci genových regulačních sítí z dat jednobuněčné RNA sekvenace, pro rozsáhlý soubor 633 vzorků hromadného RNA sekvenování dětské ALL. To nám umožňuje vyhodnotit profil genové exprese jako výsledek aktivity transkripčních faktorů. Dále jsme se zaměřili na prohloubení našeho porozumění těmto již existujícím a cenným datům začleněním informací z několika "-omických" databází. V naší analýze jsme použili data jednobuněčné RNA sekvenace, protein-proteinových interakcí a predikovaných cis-regulačních elementů. Náš přístup pokrývá transkriptomickou krajinu nad rámcem diferenciálně exprimovaných či vysoce variabilních genů. Ukazujeme, že většina podtypů B- ALL má specifické vzorce aktivity transkripčních faktorů. U podtypů iniciovaných mutacemi transkripčních faktorů zkoumáme jejich vliv na výslednou aktivitu. Na příkladu MEF2D ilustrujeme výhodu kvantifikace aktivity transkripčního faktoru dle jeho cílů, jež se zde...
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/184828