Original title: POLYMORFISMUS GENU PRO SERICIN 2 U BOURCE MORUŠOVÉHO (BOMBYX MORI)
Translated title: The polymorphism of sericin 2 gene in silkworm (Bombyx mori)
Authors: TYLLEROVÁ, Helena
Document type: Master’s theses
Year: 2010
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Studovali jsme polymorfismus genu Ser2 u vybraných kmenů B. mori a B. mandarina. Předlohou pro tuto studii byla restrikční mapa alely C, zdokumentovaná u hybrida evropského B. mori kmenů 200 a 300 (Michaille et al. 1990a) a alela D polyvoltinního hybrida kmene Daizo p50 (Kludkiewicz et al. 2009), u kterého je již známa sekvence celého genu Ser2. Na základě této publikované sekvence genu Ser2 jsme navrhli celou řadu PCR primerů a provedli sekvenční analýzu 4 různých alel genu Ser2, včetně alely C (až na dva úseky obsahující repetitivní DNA). Sekvence genů jsme mezi sebou porovnali a zjistili značné rozdíly jak v délkách intronů a exonu 9, tak ve struktuře uspořádání exonů. U alely C bylo zjištěno celkem 12 exonů (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8a, 9, 10, 11, 8b) a u alely D 13 exonů (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9a, 10a, 9b, 10b, 11). Alela C se ukázala jako nejzajímavější, neboť obsahovala ojedinělý typ uspořádání exonů, jenž mohl představovat původní (ancestrální) formu genu Ser2. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat pomocí PCR a elektroforézy uspořádání exonů na 3{\crq} konci genu Ser2 u 70 kmenů bource. V další analýze jsme se snažili najít mezi dostupnými kmeny blízkou alelu alele C. Pro tuto studii bylo vybráno 55 kmenů bource z různých geografických oblastí, ze kterých jsme amplifikovali a sekvenovali úsek o délce 2 kb. Získané sekvence jsme vyhodnotili fylogenetickým testem, abychom získali představu o historii genu Ser2. Na základě provedených analýz usuzujeme, že alela C, pocházející z dnes již zřejmě vyhynulého Evropského hybrida 200 a 300, obsahovala zřejmě uspořádání exonů, které vzniklo složitými sekundárními přestavbami a není ancestrální formou genu Ser2. In our study, we examined the polymorphism of gene Ser2 from domesticated silkmoth Bombyx mori and its closest wild relative B. mandarina. As a starting material for our work, we used the restriction map of allele C isolated from hybrid lineages 200 and 300 of European silkmoth B. mori (Michaille et al. 1990a). We also used the published sequence of allele D which was isolated from {\clq}qDaizo`` p50 strain of B. mori (Kludkiewicz et al 2009). Based on the published sequence, we designed PCR primers and performed sequence analysis of 4 different alleles of gene Ser2, including the almost complete genomic sequence of allele C (except for two short regions containing repetitive DNA). We then compared the sequences and found that the alleles differ significantly not only in intron lengths and the sizes of exon 9, but also in exon arrangements. While the allele C contains 12 exons (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8a, 9, 10, 11, 8b), the alelle D and other alleles analysed have 13 exons (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9a, 10a, 9b, 10b, 11). Allele C showed very unique arrangement of exons, which suggested that it may represent an ancestral form of Ser2 gene. We analysed the arrangment of exons located at the 3´end of the Ser2 gene by PCR and electrophoresis in 70 available strains of B. mori and B. mandarina. We also tried to find a similar allele to the allele C and we amplified and sequenced 2 kb region from 55 Bombyx strains. Phyllogenetic analysis of gene Ser2 gene suggested that the C allele of now probably extinct European silkmoth hybrids 200 and 300 does not seem to be an ancestral form of Ser2 gene, but it rather seems to be the result of complex secondary rearrangements.
Keywords: domestication; Ser2 gene polymorphism; Silkworm (Bombyx mori); bourec morušový (Bombyx mori); domestikace; polymorfismus; Ser2 gen
Citation: TYLLEROVÁ, Helena. POLYMORFISMUS GENU PRO SERICIN 2 U BOURCE MORUŠOVÉHO (BOMBYX MORI). České Budějovice, 2010. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/14812

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-53358


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses