Original title:
Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst
Translated title:
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Authors:
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (referee) ; Škutková, Helena (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2023
Language:
eng Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[eng][cze]
Táto bakalárska práca sa zameriava na detekciu metylácií DNA a vývoj metodiky typizácie bakteriálnych kmeňov. DNA metylácie hrajú kľúčovú úlohu ako regulačný mechanizmus v genóme, ktorý ovplyvňuje konečné vlastnosti organizmov. Použili sme DeepSignal2 na detekciu metylačných vzorov v 10 kmeňoch Klebsielly pneumoniae. Okrem toho sme navrhli metódu typizácie na základe identifikovaných metylácií pre kategorizáciu bakteriálnych kmeňov. Táto práca prispieva k zlepšeniu našeho chápania regulačných mechanizmov v bakteriálnych genómoch a predstavuje nový prístup k typizácii kmeňov pomocou vzorov metylácie DNA. Poskytuje cenné poznatky o charakterizácii a klasifikácii bakteriálnych kmeňov na základe ich metylómov.
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
Keywords:
detekcia; DNA; genóm; metylácia; sekvenovanie; skladanie genómu; detection; DNA; genome; genome assembly; methylation; sequencing
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/213840