Original title: Zpracování a analýza lidského plicního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat
Translated title: Processing and analysis of the human lung microbiome from nanopore sequencing data
Authors: Molíková, Anna ; Bartoň, Vojtěch (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2023
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se věnuje zpracování a analýze plicního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat. V úvodu čtenáře seznamuje s plicním mikrobiomem a jeho složením při zdraví i nemoci. Dále se pak věnuje jednotlivým sekvenačním technologiím se zaměřením na nanopórovou sekvenaci. Na závěr se práce zaměřuje na několik metod analýzy plicního mikrobiomu. V praktické části bakalářské práce je provedeno základní zpracování sekvenačních dat a následně jejich taxonomická analýza a nalezení genů antibiotické rezistence. Ze získaných výsledků je pak vyhodnoceno složení plicního mikrobiomu v každém ze zpracovávaných vzorků. This bachelor’s thesis deals with processing and analysis of the human lung microbiome from nanopore sequencing data. Firstly this thesis introduces the lung microbiome and its composition in health and illness. Then it focuses on generations of sequencing technologies, mainly describing nanopore sequencing. The last chapter discusses different methods used for lung microbiome analysis. The practical part of this thesis preprocesses sequencing data, followed by their taxonomic analysis and the search for antibiotic resistance genes. From the obtained results, the composition of the lung microbiome in each of the processed samples is then evaluated.
Keywords: antibiotic resistance genes; lung micriobiome; microorganism; nanopore sequencing; geny antibiotické rezistence; mikroorganismus; nanopórová sekvenace; plicní mikrobiom

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/210840

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-529121


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses