Original title: Počítačové modelování inhibice SARS-CoV-2 proteázy
Translated title: Computer modeling of SARS-CoV-2 protease inhibition
Authors: Hanák, Martin ; Barvík, Ivan (advisor) ; Pospíšil, Miroslav (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2023
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Práce se zabývá různými metodami výpočtu volné energie pomocí molekulárně-dy- namických simulací za účelem studia inhibice biologických makromolekul a identifikace možných léčiv. Konkrétně byla prozkoumána možnost využití nerovnovážných metod na základě Jarzynského rovnosti a Crooksova fluktuačního teorému. Použité metody byly otestovány na jednoduchých systémech aminokyselin a komplexu éterové koruny s draslí- kem. Následně byly zkoumané metody aplikovány na komplexy adamantánů s cyklodex- triny a především na inhibici hlavní proteázy SARS-CoV-2 Mpro. 1 This work deals with various methods of computing free energy using molecular dy- namics simulations to study the inhibition of biological macromolecules and to identify potential drugs. Specifically, the possibility of using non-equilibrium methods based on Jarzynski's equality and Crooks fluctuation theorem was explored. The methods used were tested on simple systems of amino acids and a complex of ether crown with potas- sium. Subsequently, the tested methods were applied to complexes of adamantanes with cyclodextrins and especially to the inhibition of the main protease of SARS-CoV-2 Mpro. 1
Keywords: SARS-CoV-2|inhibition|protease Mpro|free energy; SARS-CoV-2|inhibice|proteáza Mpro|volná energie

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/182004

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-528793


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses