Original title: Vliv polysacharidové kontaminace na molekulárně-biologickou analýzu
Translated title: The influence of polysaccharide contamination on molecular-biology analysis
Authors: Žylková, Kateřina ; Strečanská, Paulína (referee) ; Fialová, Lenka (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2023
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Přítomnost polysacharidů při izolaci DNA a její následné analýze přináší často nežádoucí účinky. Polysacharidy spolu s dalšími metabolity (fenolické látky, proteiny) mohou působit jako inhibitory PCR. V této práci byl zkoumán právě vliv polysacharidové kontaminace na analyzovanou DNA. V experimentální části byly ze dvou druhů exotického ovoce (mango, banán) izolovány vzorky DNA, ze kterých byla následně stanovena koncentrace polysacharidů. Analýza prokázala, že přidáním CaCl2, byl obsah polysacharidů ve vzorcích výrazně nižší. Po ověření amplifikovatelnosti vzorků DNA s přidaným CaCl2 bylo zjištěno, že CaCl2 sám PCR inhiboval, a proto ho bylo nutné ze vzorků odstranit. Po přečištění byla znovu ověřena amplifikovatelnost DNA a bylo zjištěno, že právě DNA s CaCl2 po přečištění dosahuje nejlepších výsledků. Tyto výsledky byly dále ověřeny agarózovou gelovou elektroforézou, která potvrdila, že snížení obsahu polysacharidů ve vzorcích napomáhá amplifikaci DNA. Rovněž bylo vypozorováno, že záleží na typu polysacharidů vyskytujících se v zdrojovém rostlinném materiálu. DNA banánu vykazovala lepší amplifikační výsledky než DNA manga. Je to způsobeno jiným chemickým složením těchto druhů ovoce. Banán na rozdíl od manga, neobsahuje polysacharidy, které by výrazně kontaminovaly izolovanou DNA. The presence of polysaccharides in DNA isolation and its subsequent analysis often leads to undesirable effects. Polysaccharides together with other metabolites (phenolics, proteins) can act as inhibitors of PCR. In this work, the effect of polysaccharide contamination on the analyzed DNA was investigated. In the experimental part, DNA samples were isolated from two exotic fruits (mango, banana), from which the concentration of polysaccharides was then determined. The analysis showed that by adding CaCl2, the polysaccharide content of the samples was significantly lower. After checking the amplification of the DNA samples with added CaCl2, it was found that CaCl2 itself inhibited PCR and therefore had to be removed from the samples. After purification, the amplification of the DNA was reverified and it was found that the DNA with CaCl2 after purification gave the best results. These results were further verified by agarose gel electrophoresis, which confirmed that a reduction in the polysaccharide content of the samples helped DNA amplification. It was also observed that it depends on the type of polysaccharides present in the source plant material. Banana DNA showed better amplification results than mango DNA. This is due to the different chemical composition of these fruits. Banana, unlike mango, does not contain polysaccharides that would significantly contaminate the isolated DNA.
Keywords: banana; DNA isolation; Fruit; mango; polymerase chain reaction (PCR); polysaccharide contamination; polysaccharides; banán; izolace DNA; mango; Ovoce; polymerázová řetězová reakce (PCR); polysacharidová kontaminace; polysacharidy

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/210363

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-526788


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses