Název: Nástroje pro zpracovaní mikrobiálních dat získaných pomocí masivní paralelní sekvenace amplikonů
Překlad názvu: Tools for microbial community analysis using high-throughput amplicon sequencing data
Autoři: Prášilová, Alžběta ; Větrovský, Tomáš (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2022
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
Amplicon high-throughput sequencing is currently the most widely used technique to investigate complex microbial communities. In order to analyze amplicon sequencing data, specialized software and algorithms are required to turn raw sequencing data into biologically meaningful information. This thesis serves as an overview of the current pos- sibilities and an introduction to microbial community analysis. It provides a comparison of the most widely used bioinformatics pipelines as well as a newer pipeline SEED2 and a foundation for users to make a decision based on their preferences. 1 Masivní amplikonové sekvenování je v současné době nejrozšířenější technikou pro zk- oumání komplexních mikrobiálních komunit. Aby bylo možné analyzovat data vytvořená amplikonovým sekvenováním, jsou zapotřebí specializované software a algoritmy, které přemění nezpracovaná sekvenační data na biologicky smysluplné informace. Tato práce slouží jako přehled současných možností a úvod do analýzy mikrobiálních komunit. Posky- tuje srovnání nejrozšířenějších bioinformatických pipeline i novější pipeline SEED2 a poskytuje uživatelům prostředky pro rozhodování na základě jejich preferencí. 1
Klíčová slova: amplikonová sekvenace; analýza mikrobiální komunity; masivní paralelní sekvenace; NGS data; high-throughput sequencing; massive parallel sequencing; microbial community analysis; NGS data

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/176779

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-509699


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce