Original title: Framework pro získání a analýzu apo- a holo- form proteinů z PDB
Translated title: Framework for retrieval and analysis of proteins apo and holo forms from PDB
Authors: Král, Adam ; Hoksza, David (advisor) ; Sanchez Rocha, Alma Carolina (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
We developed a software framework that allows the analysis of ligand-free (apo) and ligand-bound (holo) forms of proteins that are accessible in PDB. The software downloads the current version of the PDB, divides the structures into groups of the same molecules, and these into apo and holo forms. Finally, it is possible to analyze pairs of apo and holo structures with respect to their different structural characteristics. In addition to the software work itself, we also verify results against previous work on an equivalent dataset, and obtain results for the current version of PDB. Keywords: protein; structural bioinformatics; PDB Vyvinuli jsme softwarový framework, který umožňuje analyzovat a porovnávat apo (bez ligandu) a holo (s ligandem) strukturní formy proteinů přístupných v PDB. Software stáhne aktuální verzi PDB, rozdělí struktury do skupin stejných molekul a rozliší zda se jedná o apo či holo strukturní formu. Nakonec je možné analyzovat dvojice apo a holo struktur s ohledem na jejich odlišné strukturální charakteristiky. Kromě samotné softwarové práce prezentujeme výsledky na datasetu z výchozí výzkumu a ověřujeme je. Získáváme výsledky na aktuální verzi PDB. Klíčová slova: protein; strukturní bioinformatika; PDB
Keywords: PDB; protein; structural bioinformatics; PDB; protein; strukturní bioinformatika

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/176782

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-509043


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses