Original title: In vitro selekce aptamerů pro methioninsulfoxid
Translated title: In Vitro Selection of Aptamers for Methionine Sulfoxide
Authors: Jureček, Matěj ; Míšek, Jiří (advisor) ; Bařinka, Cyril (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2022
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Oxidace methioninu na methioninsulfoxid je jednou z důležitých redoxních posttranslačních modifikací proteinů. Tato modifikace může aktivovat i inhibovat funkci celé řady proteinů a je součástí regulačních mechanizmů různých (pato)fyziologických procesů. Pro výzkum dopadů a funkcí oxidace methioninu by bylo užitečné nalezení bioindikátoru pro methioninsulfoxid. Zatím však nebyla pro methioninsulfoxid v rámci proteinů nalezena žádná protilátka, ani žádný její ekvivalent. Tato práce se zabývala hledáním aptameru na bázi ssDNA, specifického svou vazbou na methioninsulfoxid pomocí metody in vitro selekce (SELEX). V rámci diplomové práce byla otestována řada různých podmínek pro in vitro selekci vůči methioninsulfoxidu. Žádné podmínky nevedly k obohacení počáteční knihovny a selektivní aptamer pro methioninsulfoxid se najít nepodařilo. Nelze vyloučit, že aptamer vůči methioninsulfoxidu lze nalézt, nicméně konvenční podmínky in vitro selekce jsou zřejmě nedostatečné pro tento úkol. V rámci kontrolního in vitro selekce byla získána výrazně obohacená ssDNA knihovna vůči sulforodaminu B jako ligandu. Sekvenace klonů z této obohacené knihovny ukázala přítomnost G-bohatých sekvencí, které jsou typické pro aptamery vůči sulforodaminu B, které byly již publikovány. Oxidation of methionine to methionine sulfoxide in proteins is considered one of important post-translational modifications of proteins. This modification can activate and also inhibit functions of many proteins and it is a part of regulation mechanisms of various (patho)physiological processes. For further research of the effects of methionine oxidation in proteins it would be very helpful to find its bioindicator. So far however, there has not been found any such antibody, nor any of its alternatives. This thesis was concerned with the search of ssDNA aptamer specific for methionine sulfoxide by the method of in vitro selection (SELEX). Several conditions for in vitro selection of methionine sulfoxide were tested in this diploma thesis. None of them led to the enrichment of the starting oligonucleotide pool and no selective aptamer for methionine sulfoxide has been found. Such results don't necessarily point to the impossibility of finding such aptamer, but the conventional methods used in this thesis weren't suitable for this task. In a control in vitro selection there has been found an enriched ssDNA pool for sulforhodamine B as a ligand. Sequencing of clones of this enriched pool has shown oligonucleotides with G-rich sequences, which is typical for already published aptamers for sulforhodamine B.
Keywords: aptamers; In vitro selection; methionine sulfoxide; post-translational modifications; redox balance; aptamery; In vitro selekce; methioninsulfoxid; post-translační modifikace; redox rovnováha

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/173471

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-506546


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses