Název:
Analýza regulace komplexů cytoplazmatických poly(A) polymeráz
Překlad názvu:
Analýza regulace komplexů cytoplazmatických poly(A) polymeráz
Autoři:
Novák, Jakub ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Hrossová, Dominika (oponent) Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok:
2011
Jazyk:
eng
Abstrakt: [eng][cze] The regulation of gene expression is achieved at many levels. Chromatin-based gene regulation has been the central focus of many decades of research; however, posttranscriptional control mechanisms are emerging as a fundamental complement to direct protein synthesis. This thesis is focused on a specific mechanism of posttranscriptional control - the translational regulation of mRNAs in the cell cytoplasm. This control is a consequence of the balance between translational repression and activation and hinges on the selective recognition of regulated mRNAs by RNA-binding proteins and their ability to recruit RNA modifying proteins. In this thesis, Caenorhabditis elegans germline was used to study translational control of the germ cell-enriched gene, gld-2. Mutants of known RNA-binding proteins of the PUF and CPB protein families were analyzed by performing Western blots, using anti-GLD-2 antibodies. Yeast 3-Hybrid system was used to identify the cis-regulatory sites in the gld-2 mRNA conferring translational regulation by members of PUF and CPB protein families. Potential autoregulatory loop of gld-2 gene expression was also investigated. This thesis shows that FBF proteins positively regulate expression of gld-2 and bind to a conserved sequence in the 3'UTR of its mRNA. Mutations of gld-2 negatively affect...Regulace genové exprese je dosahováno mnoha způsoby. Výzkum se dlouhá léta zaměřoval především na regulaci genové exprese na úrovni chromatinu, nicméně posttranskripční regulace se na cestě k syntéze proteinů ukazuje být jejím nezbytným doplňkem. Tato práce se zaměřuje na studium jednoho specifického mechanismu posttranskripční kontroly - regulace translace mRNA v buněčné cytoplazmě. Tato regulace je důsledkem rovnováhy mezi aktivací a represí translace a závisí na selektivním rozpoznání cílových mRNA RNA-vazebnými proteiny a jejich schopností navazovat proteiny modifikující RNA. V této práci byla zárodečná linie Caenorhabditis elegans využita ke studiu translační regulace mRNA genu hojně exprimovaného v zárodečné linii, gld-2. Mutanti známých RNA-vazebných proteinů z rodin proteinů PUF a CPB byli analyzováni pomocí Western blotů za použití protilátek proti GLD-2. K identifikaci cis-regulačních míst na gld-2 mRNA, zodpovídajících za regulaci translace PUF a CPB proteiny, bylo využito kvasinkového 3-hybridového systému. Také byl zkoumán potenciální autoregulační systém exprese genu gld-2. Tato práce ukazuje, že proteiny FBF pozitivně regulují expresi genu gld-2 a váží se na jednu konzervovanou sekvenci v nepřekládaném regionu na 3' konci jeho mRNA. Mutace v genu gld-2 negativně ovlivnily hladinu proteinu...
Klíčová slova:
3'UTR; cytoplazmatická poly(A) polymeráza; posttranskripční regulace; regulace poly(A) konce; RNA-vazebné proteiny; zárodečná linie Caenorhabditis elegans; 3'UTR; Caenorhabditis elegans germline; cytoplasmic poly(A) polymerase; poly(A) tail length regulation; posttranscriptional control; RNA-binding proteins