Original title: Zdroje, identifikace a odstranění arteficielních signálů v metodě ChIP-seq
Translated title: Sources, identification and removal of ChIP-seq artifacts
Authors: Shumilova, Aleksandra ; Převorovský, Martin (advisor) ; Fišer, Karel (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Chromatin immunoprecipitation is used to enrich DNA sequences that are associ- ated with a protein of interest, and is used to map those sequences to the genomic regions. Studying these DNA-protein binding regions provides an understanding of gene regulation and chromatin remodeling. However, some signals in fact rep- resent no binding event and are known as false positives. This thesis discusses the main sources of false-positive signals that commonly arise during ChIP-seq analysis, and offers possible solutions on how to minimize or filter them. Keywords: ChIP-seq, chromatin imunoprecipitation, quality control, data filtra- tion iii Chromatinová immunoprecipitace se používá k obohacení sekvencí DNA, které jsou spojeny s požadovaným proteinem, a používá se k mapování těchto sekvencí na oblasti v genomu. Studium těchto vazebných míst proteinů na molekule DNA poskytuje pochopení genové regulace a remodelace chromatinu. Některé signály nepředstavují žádné vazebné místo a jsou známé jako falešné pozitivy. Tato práce se zaobírá hlavními zdroji falešně pozitivních signálů, které běžně vznikají při analýze ChIP-seq dat, a nabízí možná řešení pro jejich omezení nebo odfiltrování. Keywords: ChIP-seq, chromatinová imunoprecipitace, kontrola kvality, odfil- trování dat iv
Keywords: ChIP-seq; chromatin imunoprecipitation; data filtration; quality control; ChIP-seq; chromatinová imunoprecipitace; filtrování dat; kontrola kvality; next generation sequencing

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/149166

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-452113


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses