Original title: Analýza lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech
Translated title: Analyses of inverted repeats localization in bacterial genomes
Authors: Šedý, Michal ; Zemanová, Jana (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2021
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Inverzní repetice (IR) jsou přirozenou součástí DNA všech známých prokaryotických i eukaryotických organismů. Inverzní repetice mají důležitou roli při regulaci základních buněčných procesů. Jsou zodpovědné za vznik křížových struktur. Inverzní repetice taktéž zapříčiňují genomovou nestabilitu a mohou být zdrojem řady mutací. Křížové struktury mohou být rozeznávány celou řadou DNA vazebných proteinů a také mohou fungovat jako transkripční regulátory. Pomocí nástroje Palindrom analyser byla analyzována frekvence výskytu a lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech. Frekvence výskytu inverzních repetic napříč bakteriálními genomy vykazuje variabilní charakter. Frekvence výskytu krátkých inverzní repetic vykazuje přibližně kvadratickou závislost na % obsahu GC párů v genomu s minimem okolo 50 % obsahu GC. Lokalizace inverzních repetic vzhledem k funkčním oblastem DNA vykazuje nenáhodný charakter rozložení. Frekvence výskytu IR u většiny sledovaných funkčních oblastí je vyšší „vně“ než „uvnitř“. Inverted repeats (IR) are common part of DNA of all living prokaryotic and eukaryotic organisms. Inverted repeats plays an important role in the regulation of basics cells processes. They are responsible for formation of cruciform structures. Inverted repeats also cause genomic instability and can be a source of numerous mutations. Cruciform structures can be recognized by DNA-binding proteins and can also act as a transcriptional regulators. Using the Palindrome Analyser tool, the frequency of IR and localization of inverted repeats in bacterial genomes was analyzed. The frequency of IR across the bacterial genome is variable. The frequency of short inverted repeats shows an approximately quadratic dependence on the %GC content in the genome with a minimum of about 50% of GC content. The localization of inverted repeats with respect to “annotated features” show a non-random distribution. The frequency of IR for most features is higher “outside” than “inside”.
Keywords: cruciform structures; Inverted repeats; Palindrome analyser; protein p53; Inverzní repetice; křížové struktury; Palindrome analyser; protein p53

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/201594

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-449791


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses