|
|
Reducing Size of Nondeterministic Automata with SAT Solvers
Šedý, Michal ; Havlena, Vojtěch (oponent) ; Holík, Lukáš (vedoucí práce)
Nondeterministic finite automata (NFA) are widely used in computer science fields, such as regular languages in formal language theory, high-speed network monitoring, image recognition, hardware modeling, or even in bioinformatic for the detection of the sequence of nucleotide acids in DNA. They are also used in regular mode checking, in string solving, in verification of pointer manipulating programs, for construction of linear arithmetic equations and inequalities, for decision in WS1S and WS2S logic, and many others. Automata minimization is a fundamental technique that helps to decrease resource claims (memory, time, or a number of hardware components) of implemented automata and speed up automata operations. Commonly used minimization techniques, such as state merging, transition pruning, and saturation, can leave potentially minimizable automaton subgraphs with duplicit language information. These fragments consist of a group of states, where the part of language of one state is piecewise covered by the other states in this group. The thesis describes a new minimization approach, which uses SAT solver, which provides information for efficient minimization of these so far nonminimizable automaton parts. Moreover, the newly investigated method, which only uses solver information and state merging, can minimize the automaton similarly and on automata with low transition count faster than a tool RABIT/Reduce, which uses state merging and transition pruning.
|
|
|
Syntéza struktur s elektromagnetickým zádržným pásmem
Šedý, Michal ; Kovács, Peter (oponent) ; Raida, Zbyněk (vedoucí práce)
V mikrovlnném pásmu se pro realizaci elektronických obvodů využívají především planární technologie. Problémem planárních obvodů je šíření povrchové vlny. Povrchové vlny způsobují nechtěné vazby mezi dílčími částmi struktury a degradují její parametry. Řešením je využití struktur s elektromagnetickým zádržným pásmem. Jedná se o periodické struktury, které jsou schopny v určitých pásmech kmitočtů povrchové vlny zadržovat. Tématem práce je seznámení se s modelováním těchto struktur v programu Comsol Multiphysics pro jedno- a dvou rozměrné struktury.
|
|
|
Analýza lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech
Šedý, Michal ; Zemanová, Jana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Inverzní repetice (IR) jsou přirozenou součástí DNA všech známých prokaryotických i eukaryotických organismů. Inverzní repetice mají důležitou roli při regulaci základních buněčných procesů. Jsou zodpovědné za vznik křížových struktur. Inverzní repetice taktéž zapříčiňují genomovou nestabilitu a mohou být zdrojem řady mutací. Křížové struktury mohou být rozeznávány celou řadou DNA vazebných proteinů a také mohou fungovat jako transkripční regulátory. Pomocí nástroje Palindrom analyser byla analyzována frekvence výskytu a lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech. Frekvence výskytu inverzních repetic napříč bakteriálními genomy vykazuje variabilní charakter. Frekvence výskytu krátkých inverzní repetic vykazuje přibližně kvadratickou závislost na % obsahu GC párů v genomu s minimem okolo 50 % obsahu GC. Lokalizace inverzních repetic vzhledem k funkčním oblastem DNA vykazuje nenáhodný charakter rozložení. Frekvence výskytu IR u většiny sledovaných funkčních oblastí je vyšší „vně“ než „uvnitř“.
|
|
|
Antioxidační aktivita extraktů zeleného čaje
Šedý, Michal ; Vítová, Eva (oponent) ; Veselá, Mária (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na antioxidační a biologicky aktivní látky přítomné v extraktech zeleného čaje. Zelený čaj je bohatým zdrojem antioxidantů a již v minulosti byl považován za léčivý nápoj. Řada látek obsažená v extraktech zeleného čaje vykazuje silné antioxidační účinky. V teoretické části se tato práce zabývá historií a výrobou čaje. Dále se zaměřuje na popis nejhojněji zastoupených antioxidačních a bioaktivních látek v čaji. V experimentální části byly vybrány tři vzorky zeleného čaje z obchodního řetězce, které byly dále analyzovány vybranými metodami UV-VIS spektrometrie a následně porovnány.
|
|
|
Analýza lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech
Šedý, Michal ; Zemanová, Jana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Inverzní repetice (IR) jsou přirozenou součástí DNA všech známých prokaryotických i eukaryotických organismů. Inverzní repetice mají důležitou roli při regulaci základních buněčných procesů. Jsou zodpovědné za vznik křížových struktur. Inverzní repetice taktéž zapříčiňují genomovou nestabilitu a mohou být zdrojem řady mutací. Křížové struktury mohou být rozeznávány celou řadou DNA vazebných proteinů a také mohou fungovat jako transkripční regulátory. Pomocí nástroje Palindrom analyser byla analyzována frekvence výskytu a lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech. Frekvence výskytu inverzních repetic napříč bakteriálními genomy vykazuje variabilní charakter. Frekvence výskytu krátkých inverzní repetic vykazuje přibližně kvadratickou závislost na % obsahu GC párů v genomu s minimem okolo 50 % obsahu GC. Lokalizace inverzních repetic vzhledem k funkčním oblastem DNA vykazuje nenáhodný charakter rozložení. Frekvence výskytu IR u většiny sledovaných funkčních oblastí je vyšší „vně“ než „uvnitř“.
|
|
|
Reducing Size of Nondeterministic Automata with SAT Solvers
Šedý, Michal ; Havlena, Vojtěch (oponent) ; Holík, Lukáš (vedoucí práce)
Nondeterministic finite automata (NFA) are widely used in computer science fields, such as regular languages in formal language theory, high-speed network monitoring, image recognition, hardware modeling, or even in bioinformatic for the detection of the sequence of nucleotide acids in DNA. They are also used in regular mode checking, in string solving, in verification of pointer manipulating programs, for construction of linear arithmetic equations and inequalities, for decision in WS1S and WS2S logic, and many others. Automata minimization is a fundamental technique that helps to decrease resource claims (memory, time, or a number of hardware components) of implemented automata and speed up automata operations. Commonly used minimization techniques, such as state merging, transition pruning, and saturation, can leave potentially minimizable automaton subgraphs with duplicit language information. These fragments consist of a group of states, where the part of language of one state is piecewise covered by the other states in this group. The thesis describes a new minimization approach, which uses SAT solver, which provides information for efficient minimization of these so far nonminimizable automaton parts. Moreover, the newly investigated method, which only uses solver information and state merging, can minimize the automaton similarly and on automata with low transition count faster than a tool RABIT/Reduce, which uses state merging and transition pruning.
|
|
|
Antioxidační aktivita extraktů zeleného čaje
Šedý, Michal ; Vítová, Eva (oponent) ; Veselá, Mária (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na antioxidační a biologicky aktivní látky přítomné v extraktech zeleného čaje. Zelený čaj je bohatým zdrojem antioxidantů a již v minulosti byl považován za léčivý nápoj. Řada látek obsažená v extraktech zeleného čaje vykazuje silné antioxidační účinky. V teoretické části se tato práce zabývá historií a výrobou čaje. Dále se zaměřuje na popis nejhojněji zastoupených antioxidačních a bioaktivních látek v čaji. V experimentální části byly vybrány tři vzorky zeleného čaje z obchodního řetězce, které byly dále analyzovány vybranými metodami UV-VIS spektrometrie a následně porovnány.
|
|
|
Syntéza struktur s elektromagnetickým zádržným pásmem
Šedý, Michal ; Kovács, Peter (oponent) ; Raida, Zbyněk (vedoucí práce)
V mikrovlnném pásmu se pro realizaci elektronických obvodů využívají především planární technologie. Problémem planárních obvodů je šíření povrchové vlny. Povrchové vlny způsobují nechtěné vazby mezi dílčími částmi struktury a degradují její parametry. Řešením je využití struktur s elektromagnetickým zádržným pásmem. Jedná se o periodické struktury, které jsou schopny v určitých pásmech kmitočtů povrchové vlny zadržovat. Tématem práce je seznámení se s modelováním těchto struktur v programu Comsol Multiphysics pro jedno- a dvou rozměrné struktury.
|
host ::
RSS.