Original title:
Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech
Translated title:
Computer study of protein folding using simplified models
Authors:
Nierostek, Jakub ; Uhlík, Filip (advisor) ; Jirsák, Jan (referee) Document type: Bachelor's theses
Year:
2021
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Cílem práce je navrhnout a popsat vhodný zhrubený model proteinu, na jehož základě bude studován protein-folding. Model bude implementován jako počítačový program, jeho vývoj v čase bude zajišťovat Hamiltonian Monte Carlo. Pomocí simulace na počítači bude zkoumán jak protein-folding samotný, tak veličiny, které jej charakterizují a podobnost nativní konfigurace skutečného a námi simulovaného proteinu. Klíčová slova: skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modely 1The aim of this work is to design and describe a suitable coarse-grained protein model, on the basis of which protein-folding will be studied. The model will be implemented as a computer program, development of the model in time will be simulated by Hamiltonian Monte Carlo. Using computer simulations, not only the protein-folding itself will be investigated, but also the quantities that characterize the process and the similarity of the real and simulated protein's native conformation. Keywords: protein folding, computer simulation, Hamiltonian Monte Carlo, coarse-grained model 1
Keywords:
coarse-grained models; computer simulation; Hamiltonian Monte Carlo; protein folding; Hamiltonian Monte Carlo; počítačová simulace; skládání proteinů; zhrubené modely
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/128340