Název: Vývoj instrumentace a metod s vysokou propustností pro hledání a validaci peptidových ligandů
Překlad názvu: Development of instrumentation and high-throughput screening methods for peptide ligand discovery and validation
Autoři: Kryštůfek, Robin ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Jiráček, Jiří (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2021
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Peptidy tvoří synteticky dostupné a snadno derivatizovatelné "lešení", na jehož základě je možno vyvíjet ligandy zaměřené na široké spektrum biologických cílů. Tradiční postup k identifikaci těchto výchozích peptidů je příprava a testování kombinatoriálních knihoven. Kombinatoriální syntézu a následný screening je možné obejít využitím biologických systémů prezentace, identifikace a selekce peptidů založených na principu in vitro evoluce - tzv. display technik. V této práci je představen vývoj automatizovaných řešení obou těchto přístupů. Prvním z nich je paralelní syntetizátor peptidů SPENSER vyvinutý v rámci tohoto diplomového projektu jako nástroj k hledání a optimalizaci peptidových ligandů, stejně jako k validaci ligandů nalezených display technikami. K popisu jeho funkčních omezení bylo připraveno několik knihoven sestávajících celkem z 1 052 peptidů. Reprezentativní vzorek 154 preparací, představující 14,6 % analytické pokrytí připravených knihoven, vykazoval dle LC-MS průměrnou čistotu 67 ± 19 %. Na předložených knihovnách je ilustrováno, že SPENSER je vhodným nástrojem pro paralelní syntézu lineárních i disulfidově cyklizovaných peptidů s omezenou variabilitou, či knihoven sestávajících z krátkých peptidů. Jeho nízký rozsah reakce ve srovnání s komerčně dostupnými syntetizátory dále... Peptides are used as synthetically available and easily derivatizable scaffold upon which it is possible to develop ligands targeting broad spectrum of biological targets. A time-tested approach to peptide binder identification is the preparation and screening of combinatorial libraries. Bypassing of this complicated procedure is possible by using biological systems for presentation, identification and selection of peptides based on the principle of in vitro evolution - i.e. display techniques. There are two complementary automated solutions for peptide binder identification described in this work. First is the SPENSER parallel peptide synthesizer, developed as a part of this diploma project, which can be used for peptide ligand discovery and optimization as well as validation of ligands identified using display techniques. Several libraries consisting of a total of 1 052 peptides have been prepared and then used to describe its potential applications. A sample of 154 preparations, representing 14.6 % analytical coverage of the prepared libraries, showed an average purity of 67 ± 19 % according to LC-MS. The libraries presented illustrate that SPENSER is a suitable tool for the parallel synthesis of linear and disulfide-cyclized peptides with limited variability, or libraries consisting of short...
Klíčová slova: in vitro evoluce; molekulární rozpoznávání; peptidová syntéza; Testování s vysokou propustností; vývoj metod; High-throughput screening; in vitro evolution; method development; molecular recognition; peptide synthesis

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/128315

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-448758


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce