host ::
| Hlavní stránka > Konferenční materiály > Příspěvky z konference > Operon-Expresser: The Innovated Gene Expression-Based Algorithm For Operon Structures In-Ference |
Název:
Operon-Expresser: The Innovated Gene Expression-Based Algorithm For Operon Structures In-Ference
Autoři: Schwarzerová, Jana
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Jazyk: eng
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: Current biotechnological research of bacterial genomes has huge potential due to the useof next-generation sequencing (NGS) platforms. NGS era opens paths for analysis of data for sufficientdescription of microorganisms with ecology and biotechnology potential in the future. Althoughsome tools for inference of specific structures in bacterial genomes exist, their pipelines andmethodologies are often based only on searching bacterial genome databases and comparison withmodel microorganisms. This paper deals with the design of a new algorithm for operon structuresinference in bacterial genomes. The algorithm combines searching in bacterial databases and geneexpression information processing. The algorithm was implemented in R language and tested onClostridium beijerinckii NRRL B-598. The bacterium is a typical performer in the field of biofuelsproduction due to its ability to produce butanol. Thanks to that this bacterial organism can be ofgreat potential from an ecological and biotechnological point of view. The paper also provides acomparison of operon structures derived by Operon-mapper and its extending by Operon-expresser.
Klíčová slova: Bacterial genome; Clostridium beijerinckii NRRL B-598; Gene expression information,Biotechnology; Operon prediction; Operon-mapper; RNA-Seq; Transcriptome
Zdrojový dokument: Proceedings I of the 27st Conference STUDENT EEICT 2021: General papers, ISBN 978-80-214-5942-7
Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/200768
Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-447813
Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Konferenční materiály > Příspěvky z konference
Autoři: Schwarzerová, Jana
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Jazyk: eng
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: Current biotechnological research of bacterial genomes has huge potential due to the useof next-generation sequencing (NGS) platforms. NGS era opens paths for analysis of data for sufficientdescription of microorganisms with ecology and biotechnology potential in the future. Althoughsome tools for inference of specific structures in bacterial genomes exist, their pipelines andmethodologies are often based only on searching bacterial genome databases and comparison withmodel microorganisms. This paper deals with the design of a new algorithm for operon structuresinference in bacterial genomes. The algorithm combines searching in bacterial databases and geneexpression information processing. The algorithm was implemented in R language and tested onClostridium beijerinckii NRRL B-598. The bacterium is a typical performer in the field of biofuelsproduction due to its ability to produce butanol. Thanks to that this bacterial organism can be ofgreat potential from an ecological and biotechnological point of view. The paper also provides acomparison of operon structures derived by Operon-mapper and its extending by Operon-expresser.
Klíčová slova: Bacterial genome; Clostridium beijerinckii NRRL B-598; Gene expression information,Biotechnology; Operon prediction; Operon-mapper; RNA-Seq; Transcriptome
Zdrojový dokument: Proceedings I of the 27st Conference STUDENT EEICT 2021: General papers, ISBN 978-80-214-5942-7
Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/200768
Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-447813
Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Konferenční materiály > Příspěvky z konference
Záznam vytvořen dne 2021-07-25, naposledy upraven 2021-08-22.