Original title: Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Translated title: Influence of second and third generation sequencers on cgMLST analysis of closely-related bacterial strains.
Authors: Slavíček, David ; Sedlář, Karel (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny. This bachelor thesis is about influence of sequncers of second and third generationon cgMLST analysis of bacterial genome. In the theoretical section were described selected sequencers of second and third generation and genome assembly principles. In the practical part were assembled six genomes of Klebsiella pneumoniae bacteria from University Hospital Brno. The genomes were sequenced each on two different sequencers, Illumina Miseq and Oxford Nanopore Technologies Minion. The genomes were assembled. Suitable genes were selected and insufficient quality genomes removed for the cgMLST analysis. The cgMLST analysis was performed and the results are shownin graphs.
Keywords: cgMLST; genome assembly; Illumina; Oxford Nanopore Technologies; sequencing; SPAdes; cgMLST; Illumina; Oxford Nanopore Technologies; sekvenace; sestavení genomu; SPAdes

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/198167

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-443582


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses