Original title: Analýza změn genomu C. necator po evoluční adaptaci
Translated title: Analysis of C. necator genome changes after evolutionary adaptation
Authors: Kroupa, Štěpán ; Obruča, Stanislav (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2020
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá analýzou mutačních změn bakteriálních populací Cupriavidus necator H16 po evoluci za různých stresových podmínek. Tato analýza byla provedena zpracováním dat z metody sekvenování genomu „Next Generation Sequencing“, která byla provedena externí společností DNALink. Na základě bioinformatického postupu byl sestaven seznam mutačních změn pro každou adaptovanou populaci. Dále byly stanovené mutační změny asociovány s konkrétními oblastmi referenčního genomu Cupriavidus necator H16 z NCBI a analyzovány dle dostupných informací. Na závěr byl diskutován případný vliv stanovených mutací na produkci zásobních polymerů polyhydroxyalkanoátů. This bachelor’s thesis deals with analysis of mutations in bacterial populations of Cupriavidus necator H16 evolved in distinct stress conditions. This analysis was performed by processing data from the genome sequencing method „Next Generation Sequencing“, outsourced through the company DNALink. A list of mutations for each adapted population was constructed through bioinformatic methods. These mutations were then associated with specific areas of the reference Cupriavidus necator H16 genome from NCBI and analysed according to available information. Finally, the effect of these mutations on production of storage polymers polyhydroxyalkanoates was discussed.
Keywords: analysis of mutations; bioinformatics; Cupriavidus necator H16; evolutionary adaptation; next generation sequencing; polyhydroxyalkanoates; stress conditions; analýza mutací; bioinformatika; Cupriavidus necator H16; evoluční adaptace; next generation sequencing; polyhydroxyalkanoáty; stresové podmínky

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/194834

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-433405


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses