Original title:
Dávkové zpracování v DNA analyzéru
Authors:
Novotný, Patrik Document type: Bachelor's theses
Year:
2019
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Tato bakalářská práce se bude zabývat dávkovým zpracováním dat v rámci aplikace DNA analyzátoru. Na úvod je vhodné uvést základní informace hlavních pojmech: dávkové zpracování a DNA analyzátor. Dávkové zpracování je způsob jakým se zpracovávají data. Data se načítají v dávce o určitém počtu, zpracují se a následně se v dávce zapisují. Tím že se čte a zapisuje více dat v jeden okamžik, snižuje se režie na čtení a zápis. Příkladem může být, pokud čteme data z databáze, zpracujeme je a následně znovu zapisujeme do databáze. Pokud se data čtou a zapisují po jedné položce je k dané operaci přidaná další režie. Když by se při čtení načítá více položek a při zápisu se jich více zapisuje, tak se tím sníží průměrná režie na jednu položku. Také se v rámci dávkového zpracování zkoumá stav dávky, zda proběhla úspěšně, neúspěšně, zda ještě probíhá, nebo nebyla ještě ani spuštěna. DNA analyzátor je aplikace, která pomáhá zkoumat struktury DNA, pracuje v oblasti bioinformatiky. Cílem analyzátoru je poskytnout bezplatný a uživatelsky přívětivý nástroj pro studium vlastností DNA. Analyzátor je vyvíjen na ústavu informatiky Mendelovy Univerzity v Brně ve spolupráci s Akademií věd České Republiky.This bachelor thesis will deal with batch processing of data within the scope of DNA analyzer application. At the start, it is a good idea to provide basic information on the main concepts: batch processing and DNA analyzer. Batch processing is the way data is processed. Data is read in a certain number, processed and then written in batch. By reading and writing more data in one moment, the read and write overheads are reduced. For example, if we read data from a database, process it and then re-write it to the database. If data is read and written by one item, additional overhead is added to the operation. If multiple items are read while reading, and more is written when writing, this will reduce the average overhead per item. Also, the batch status examines whether the batch has been run successfully, failed, is still running, or has not yet started. DNA Analyzer is an application that helps investigate DNA structures, working in bioinformatics. The aim of the analyzer is to provide a free and user-friendly tool for studying DNA properties. The analyzer is developed at the Institute of Informatics of Mendel University in Brno in cooperation with the Academy of Sciences of the Czech Republic.
Keywords:
DNA analyzer; dávkové zpracování; Easy Batch; framework; Java; Spring