Original title: Imunofenotyp maligních buněk dětských akutních leukemií a jeho vývoj v průběhu onemocnění
Translated title: Leukaemia associated immunophenotype in childhood acute leukaemias and its development during the course of disease
Authors: Podolská, Tereza ; Fišer, Karel (advisor) ; Drbal, Karel (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2020
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Acute lymphoblastic leukaemia (ALL) is the most frequent childhood malignancy. One of the recent improvements in ALL treatment was the introduction of minimal residual disease (MRD) monitoring that enables risk stratification based treatment adaptation. The same MRD monitoring helps to choose relapse treatment, to guide indication for stem cell transplantation (SCT) and allows for a more personalized management of patients undergoing SCT. One of the main routes of MRD levels detection is characterisation of leukemic blasts using flow cytometry. However, flow cytometry is limited by its mainly manual expertise-based analysis. Such analysis is subjective and clearly insufficient for current complex data. While new computational tools are available for multidimensional flow cytometry data, there is an urgent need to test and adapt them for the use in clinical environment. The goal of this thesis is to detect immunophenotypes associated with leukaemia and their development by leveraging machine-assisted analysis of a set of diagnostic files selected based on information about more than three hundred thousand of multiparameter flow cytometry datasets. Advanced bioinformatic tools will help to detect blast and healthy haematopoietic populations, to derive their immunophenotypes and to identify individual... Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastější dětskou malignitou. K jednomu z nedávných zlepšení v léčbě ALL došlo zavedením monitoringu minimální reziduální nemoci (MRD), který umožňuje přizpůsobit léčbu na základě stratifikace rizika. Monitoring MRD rovněž umožňuje zvolit vhodnou léčbu při relapsu onemocnění, indikovat transplantaci kmenových buněk (SCT) a umožňuje personalizovaný přístup k pacientům podstupujícím SCT. Jedním ze základních způsobů detekce hladiny MRD je charakterizace leukemických blastů pomocí průtokové cytometrie. Hlavním limitem průtokové cytometrie je však to, že analýza dat je manuální a závislá na vysoce expertních znalostech. Tento postup je subjektivní a ne zcela dostatečný pro analýzu komplexních datových souborů užívaných v současnosti. Přestože jsou dostupné nové výpočetní nástroje pro zpracování multidimenzionálních dat z průtokové cytometrie, je zároveň potřeba tyto metody otestovat a přizpůsobit je klinickému prostředí. Cílem této práce je detekovat imunofenotypy asociované s leukémiemi a jejich vývojem pomocí počítačem asistované analýzy u sady diagnostických souborů vybraných na základě informací o více než třech stech tisíců datasetů z víceparametrové průtokové cytometrie. Pokročilé bioinformatické nástroje pomohou detekovat blastické a zdravé...
Keywords: Acute lymphoblastic leukaemia; bioinformatics; flow cytometry; immunophenotype; Akutní lymfoblastická leukémie; bioinformatika; imunofenotyp; průtoková cytometrie

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/119657

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-416144


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses