Original title:
Příprava Oryzasinu 1 pro štěpení proteinů v experimentech vodík/deuteriové výměny.
Translated title:
Preparation of Oryzasin 1 for protein digestion in hydrogen/deuterium exchange.
Authors:
Šintáková, Kristýna ; Man, Petr (advisor) ; Jurnečka, David (referee) Document type: Bachelor's theses
Year:
2019
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Vodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS) je stále populárnější technikou strukturní biologie. Její prostorové rozlišení závisí na účinnosti fragmentace nebo proteolytickém štěpení studovaného proteinu. Z toho důvodu je snaha hledat nové proteasy, které by nejen byly schopné štěpit zkoumaný protein při podmínkách HXMS, ale také poskytovaly co největší pokrytí sekvence proteinu. Tato práce se zabývá nalezením optimálních podmínek produkce aspartátové proteasy Oryzasinu 1 pro potenciální použití v experimentech HXMS. Z dostupných plazmidů byly vybrány vhodné produkční klony, pomocí peptidového mapování byla ověřena identita produkovaného proteinu a následně byly nalezeny vhodné produkční podmínky. Na základě těchto výsledků bylo přistoupeno k produkci proteinu ve velkém objemu a k izolaci inkluzních tělísek. Klíčová slova: Oryzasin 1, proteasy, vodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS)Hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS) is an increasingly popular technique in structural biology. Its spatial resolution strongly depends on the efficiency of the fragmentation or proteolytic cleavage of the studied protein. Therefore, it is desired to search for new proteases that would not only be able to digest the protein of interest under the HXMS conditions, but also to provide the best possible coverage of the protein sequence. Finding optimal conditions for production of Oryzasin 1 aspartate protease for its potential use in HXMS experiments was done in this thesis. Selected production clones were selected from available plasmids, the identity of the produced protein was verified by peptide mapping, and optimal production conditions were found. Based on these results, large-scale protein production and inclusion body isolation were undertaken. (In Czech) Keywords: Oryzasin 1, proteases, hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS)
Keywords:
D exchange; H; Oryzasin 1; protein expression; D výměna; exprese proteinů; H; Oryzasin 1
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/107054